就在張天成的信使到京之后，將鄭芝龍呈交給大中朝的降書順表以及部將的名單交到了肖天健的手中，肖天健召集諸臣再一次商定了分封之后，便馬上派出使臣，持他的圣旨前往福建宣旨，從鄭家手中接管泉州府、汀州府、漳州府等地。
同時按照原來大中朝議和的條件，所有鄭軍就地接受大中軍的整編，包括鄭家的水軍以及商船船隊以及水手們，也都在泉州和漳州等地沿海港口駐泊，等候接受大中朝的整編。
而鄭芝龍在接到了肖天健的圣旨之后，得知了他被封為靖海侯這個結果非常滿意，事先他也打聽過有關大中朝封爵之事，本以為即便是肖天健按照原來的約定，對他封爵，最多也就是能給他封個子爵男爵之類的爵位就算是不錯了，但是沒成想肖天健居然如此大方，一下便封他了個侯爵，保持了他的爵位不低于永歷朝分封他的爵位，這讓他非常滿意，也覺得很有面子。
包括他的那些弟弟以及族親，也都各有封賞，這讓鄭家這些頭領們也都放心了下來，起碼在這方面，大中朝皇帝是說話算數的，沒有對他們過分的刻薄。
至于鄭軍接受整編，他們也沒什么話可說的，陸師肯定是全部要被大中軍接收過去，很可能會就地遣散，這一點沒什么可擔心的。
但是對于鄭家水師的整編，鄭家卻是有一點想法的，畢竟這個時代軍船和民船之間并沒有明顯的界線，包括西方的帆船，也一樣是既可以運貨也可以進行海上交戰之用，鄭家麾下大大小小擁有各種船只兩千多條，其中超出四百料以上的大福船和二號福船以及海滄船、白艚船、烏艚船、廣船、快船五六百條，其余的還有小一些的近海用的四百料一下的小型海船還有一千余條。
而水師之中的水手也有近兩萬人，這些人平時可以操舟行商，戰時隨時都抄家伙上陣就是水兵，這些船只和水手具體該怎么劃分，留給他們鄭家多少船只和水手讓他們今后繼續行商之用，便成了關鍵的問題。
在這件事上，其實雙方之前也是有過商議的，大中朝提出可以給鄭家留下二百條四百料以上的海船，作為他們今后行商之用，其余船只則交給大中朝官方進行處置，而那些鄭家水卒，則按照他們的意愿決定去留，愿意留在鄭家手下繼續做事的人，可以留下，愿意加入大中朝海軍的，則可以接受整編。
但是現在鄭家投順有點晚，作為懲罰，原來的大中朝提出的條件便不能繼續執行了，按照肖天健的指示，在原來的額度上大刀一揮裁去一半，原來二百條船，現在只許鄭家保留一百條，而人員方面也僅僅允許鄭家保留三千人，其余的全部交由大中朝來進行甄選之后另行安置。
鄭家對于大中朝提出的新方案頗為不滿，但是現如今他們也沒有繼續反抗的余地，只能聽命于大中朝的安排。
另外肖天健招鄭芝龍以及鄭家上下受封之人赴南京面圣，說要親自冊封鄭芝龍以及鄭家上下受封之人，以示恩典。
對此鄭家上下頗為擔心，有心想要不去，但是這個時候鄭軍上下軍心已散，而且隨著朝廷敕令下達之后，石冉和劉耀本各率一萬精兵，分頭進入到了泉州府和漳州府，并且分出一部分兵力接管了汀州府。
在大中軍的兵鋒之下，鄭芝龍有心想要不去南京，但是這個時候卻找不到一個合適的理由來拒絕，否則的話擺明了就是抗旨不尊，那么接下來到底會發生什么，鄭家上下無法預料。
于是無奈之下，鄭芝龍只得謝恩領旨，表示會盡快赴南京聽封，但是在他們家族內部商議之后，鄭芝龍還是讓鄭芝豹托病為理由，留在泉州坐鎮，以防鄭家上下赴南京一旦有所變故，他們總算是留下一個后手。
就在鄭芝龍受命前往南京的時候，各方對鄭軍的接管也隨即展開，一批批鄭軍奉命放下了武器，被大中軍暫時圈管起來，然后分批進行遣散，為此肖天健著令戶部撥發出了二十萬龍幣作為遣散費用，并且令各地官員對于原屬本地的鄭軍遣散兵員進行編管安置，授之于田，令其回鄉耕作。
對于鄭家水師方面，大中軍采取人船分離的辦法，暫時令鄭家水師兵將全部登岸，離開他們的船只，由大中朝海軍派人接管鄭家原有的各式戰船，除了準許鄭家自行選留下一百條船只之外，其余的船只進行甄選，留下一部分堅固的船只，作為戰船補充入海軍之中使用，至于剩下的一些不堪作為戰船使用的船只，一部分直接拆除，其余可用的船只則準許浙江、福建、南直隸沿海商賈贖買，作為今后通海行商之用。
鄭家看準這個機會，又通過出錢贖買的辦法，從中買回了一批原屬于他們的船只。
不過大中朝也履行了當初和議的條件，在大中軍接管泉州府和漳州府之后，對于原屬于鄭家的財產給予了保護，沒有讓人侵犯鄭家的財產和家族成員，這一點讓鄭家多少放心了許多。
其實大中朝內部在鄭芝龍宣布投降之后，對于如何處置鄭芝龍其實是有很大的爭論的，以軍方為主，許多人提出來即便是鄭芝龍投降，但是此人也不足為信，即便是不殺，起碼也要將其編管在南京城中進行監視，一旦發現鄭家再有反心，便立殺無赦。
但是也有一些大臣以為，大中朝朝廷要講信義，不能對鄭芝龍太過分，采取懷柔手段，逐步的分化鄭家集團，使之今后逐步安分下來。
對這樣的爭論，肖天健聽罷之后一笑置之，在他看來，鄭家上下此次投降，雖然有很大程度上是被迫的，但是通過這段時間和大中朝對抗下來，鄭家上下也都基本上看到了大中朝的厲害，繼續與國家為敵，他們今后將會在大陸上再無立錐之地，所以完全沒有必要，用什么陰謀的手段來逼迫鄭家就范。
而且原來的鄭軍之中，并非是人人都是鄭家的鐵桿擁躉者，國家和鄭家之間，他們是可以分辨出孰強孰弱的，其中絕大部分人是受到裹挾逼迫，抑或是為了混口飯吃，才在鄭軍之中做事，現如今鄭家請降，整個軍心便徹底散了，鄭家即便是還擁有一批死忠，但是數量卻也有限，已經不足以成為大中朝的心腹大患了。
而且據福建的特情處的細作們探查，鄭家雖然生意做的非常大，而且家財也富可敵國，但是鄭家主要的基業，卻基本上還在泉州、漳州等地的陸上，海上也僅僅是以廈門島和金門島以及澎湖為他們的基地，大中朝的海軍現如今已經不是一兩年前那么虛弱了，經過這一年多來大力發展之下，大中軍海軍的實力迅速壯大，這一次鄭家投順，雖然鄭家可以合法的留用百條海船，但是其余的鄭家水師戰船卻絕大多數交給了大中朝處理，使得大中朝海軍的實力更是瞬間暴增，此消彼長之下，鄭家的海上力量一下便蒸發了七八成之多，鄭家即便是想要再在海上無法無天，把持海上貿易通道，那么在大中海軍面前，很快便可以讓他們鄭家灰飛煙滅。
所以鄭家經此一次折騰之后，便已經無法再稱為大中朝海上的勁敵了，而且肖天健對于鄭家這個大海商也沒有想過要將他們就此徹底趕盡殺絕，中國眼下需要這樣的海上貿易的先鋒，只要保證他們鄭家的利益，那么鄭家沒理由繼續作亂下去，肖天健也不想做一個小人，來干這種令人齒冷的事情。
在十一月底的時候，鄭芝龍終于帶著數十名族親以及部下來到了南京，一行人懷著惴惴不安的心情，被招入到了宮中覲見。
肖天健也終于第一次見到了這個縱橫大海十幾年的海上梟雄，讓他驚訝的是鄭芝龍的年輕，這個中國歷史上名動天下的海上梟雄，這個時候居然只有三十多歲，雖然身材不高，但是卻長得是相當的英俊。
鄭芝龍一進入大殿，便立即帶著幾個弟弟和族親跪下口呼萬歲，并向肖天健稱罪，自陳投順來遲，請肖天健恕罪。
肖天健看罷了鄭芝龍之后，哈哈一笑道：“來了就好，雖然鄭愛卿來的稍微遲了一點，終歸卻并未釀成大錯，朕和你有約在先，自不會再怪罪于你等！現如今你等能毅然迷途知返，實乃福建百姓之幸，我大中朝之幸！諸位免禮平身吧！這么跪著說話總是不太方便！來人，給鄭愛卿賜座！”
鄭芝龍也沒有想到肖天健這個大中朝新皇會如此年輕，甚至于比他還要年輕一些，偷眼看一下肖天健，舉手投足之間，無形之中散發著一種霸氣，這樣的霸氣絕非是一朝一夕養成的，從他領兵的經驗看，非經過血火戰場的廝殺，一般人絕難會養成這樣的霸氣，聽著肖天健的話，鄭芝龍的心情稍微安穩了一些。
雖然肖天健話中略微帶出了一絲對他現在才來投順有點不滿的味道，但是總體上看得出肖天健卻還是對他能歸順這件事是比較滿意的，現在更是讓他平身還賜座于他，這就說明肖天健并沒有太多要置他們于死地的念頭，這才多少讓鄭芝龍安心了一些。
不過說是賜座，鄭芝龍還真是不敢坐，連連告罪之后，在肖天健的強令之下，鄭芝龍才在一個侍衛送過來的錦凳上用屁股掛了點邊，坐在了大殿上，至于他那些帶來的手下以及族親，自然是沒有他這樣的待遇，只能老老實實的低著頭，站在大殿下面。
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