也就在萬眾皆以為大中朝今后會徹底安生下來，全力恢復各地農經的時候，內閣大臣們也在商議著要裁撤一些兵馬，準備將精力全都投入到恢復各地經濟民生的事情上的時候，海軍方面和海上貿易集團都提出來，發動一次大規模的攻勢，要將臺灣島拿下來，將盤踞在臺灣島上的荷蘭人逐出臺灣島的時候，肖天健卻在內閣會議上表示了反對的意見。
對于裁撤過剩的軍隊問題上，肖天健并未反對，經過這么多年的南征北戰之后，大中軍也膨脹的非常厲害，經過粗略統計下來，各地的大中軍這幾年來，為了加強對各地的統治力度，不斷的進行征兵，再加上不斷的收服各地的亂軍和明朝舊部，即便是大中軍一邊打一邊裁撤遣散閑雜人員和老弱殘兵，也使得大中軍到了天元三年夏季的時候，已經達到了空前的近百萬的數量了。
百萬大軍對于后世也許算不上太多，可是在這個時代，卻是一個恐怖的數字，以這個時代的生產力來說，即便是大中朝所轄人口已經過億，但是一百多個人養活一個兵還有十幾萬匹各種騾馬，對于新立的大中朝來說，無疑是一項非常沉重的負擔，何況現在大中朝也是處于百廢俱興的階段，要花錢的地方太多太多，而且肖天健一心一意要盡快打造出來一支強大的海軍，這海軍可是純燒錢的兵種，不裁撤掉大批陸師的話，無論如何也架不住這樣的消耗。
再加上當兵的基本上都是青壯年勞力，現在大中朝百廢俱興，大批撂荒農田需要重新復耕，因為前期農業因為天災戰禍遭受破壞嚴重，耕牛大批被殺掉，農耕更需要以人力為重，可是這么多青壯被征做兵卒，這對于大中朝今后的復蘇也非常不利，所以裁撤各地陸師便必須要盡快展開。
所以肖天健也同意內閣大臣們提出的裁軍計劃，將現有的百萬大軍裁撤掉三成甚至于一半，令其卸甲歸田。
但是內閣大臣們提出的裁軍計劃，卻遭到了兵部上下的反對，他們的理由也很充分，現如今各地剛剛平定，還有許多大明余孽在蠢蠢欲動試圖復國，西北方面還有李自成余孽尚未盡數被討平，而且這些大中軍兵將之中，有許多人為大中朝出生入死，現在剛剛立國不久，便要將他們趕回家，這么大批的兵將一旦安置不好的話，便又會成為不穩定因素，使得剛剛稍稍平定下來的局勢重新糜爛。
而且永歷現在逃入緬甸，北方還有建奴和蒙古人的事情沒有解決，下一步肯定還要在北方動兵，所以眼下大批裁撤陸師并不合適。
對于軍方的態度彰顯出了文武之間的嚴重分歧和矛盾，這是一場博弈，而肖天健無疑便是這場文武之間的博弈的裁決者。
對此肖天健考慮再三，多次和內閣以及兵部方面進行商量，但是最終肖天健還是下旨，對各地軍隊進行一次大規模的整編，但是對于裁撤兵馬數量，采取了分批裁撤的方式，在本年度也就是天元三年之內，各路兵馬現行整編裁撤兩成兵馬，將軍中一些老弱兵將先行裁撤，令其卸甲歸田。
當然這次裁軍也并非簡單的將這些兵將遣散回家務農便拉倒了，對于裁撤兵將，肖天健要求給予厚待，特別是對那些有功的將士，更要給予厚撫，根據其軍階不同，給予數量不等的遣散費。
另外這些兵將遣散之后，要返回原籍進行安置，各地官府要妥善對其進行安排，絕不容許出現讓兵將們一回家便立即陷入到餓肚子的境地之中。
好在中國經過這次大變之后，原來各地被大明皇親國戚以及一些勛戚權貴大量兼并的土地，現如今已經基本上都被收歸了國有，這些土地除了可以安排原來大批的失地流民之外，還有不少的剩余，故此撤編遣散兵將返回原籍之后，可按照朝廷的要求，每人可根據田地的厚薄不同，獲取到數量不等的田地，作為他們今后養家糊口的基礎，而且朝廷對于這些遣散回鄉的兵將，還給予免征兩年的特殊優待，盡可能的減少這些兵將們返鄉之后所產生出的不穩定因素。
另外大中軍之中，還有一大批情況比較特殊的人員，那就是這些年來俘獲的敵軍，因為擔心這些俘虜一旦遣散馬上變成流匪，所以這些俘虜們也多被編列為輔兵隨軍看管聽用。
對于這一批俘虜，自然不可能像大中軍兵將那樣得到厚待，但是就地遣散也不是辦法，肖天健便提出了一個建立建設兵團的想法，將這批俘虜調至一些邊境地區，準其將家人也帶上，一起前往這些偏遠之地進行編管屯耕。
北方因為天災戰禍的原因，原來邊境地區很多地方重新變成了荒蕪之地，對于土地的利用率遠沒有后世那樣的見縫插針般的密集，所以還有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏遠之地，生存條件肯定要相對惡劣一些，普通的民眾是不愿意輕易便去這些地方落戶的，唯有通過強力政策，先將一些俘虜送到這些地方安置，帶到這些偏遠之地各種生存條件改善之后，方能推出各種優惠政策，吸引內地百姓移民，這個辦法也是對偏遠地區開發的一個不錯的辦法。
肖天健提出這個想法之后，立即便得到了文武兩方的支持，于是在天元三年下半年的時候，大中軍便開始了正式的裁軍。
一批批俘兵開始被拖家帶口的遣送往了各地的偏遠地區，而一些老弱殘兵也開始在領取到遣散費之后，逐步的返回原籍接受安置，雖然這裁撤遣散這么多兵將，對于大中朝來說，一下便要支出一大筆銀子，但是為了今后大中朝的長治久安，戶部方面還是想辦法咬著牙將這筆錢撥了出來。
但是作為遣散人員，諸軍之中的那些在各地講武堂結業的學員兵們，卻被肖天健要求盡數保留了下來，這些人乃是肖天健好不容易培養出來的職業軍人，不同于一般招募的兵卒，他們每個人都接受過嚴苛的訓練，對于大中朝和肖天健都非常忠誠，戰場上表現的也非常勇敢，一旦將他們裁撤回家，那可就讓肖天健心疼大了。
趁著這次南方平定和裁軍的機會，肖天健又一次對大中軍進行了一次結構性的調整，對大中朝各地軍隊進行了重新編列，按照原來大中軍推行的五五編制，對諸軍進行再一次的整編。
大中軍現在基本獨立作戰單位是師一級的作戰單位，每個陸軍師除了編入五個標準戰兵營之外，還另外編入一個師屬斥候連，一個師屬炮兵營，一個師屬輜兵營，一個師屬工兵連。
而一個營則下轄五個戰兵連，一個斥候小隊，一個營屬炮兵連，如此類推，使得一個整編師齊裝滿員的話，兵力達到一萬人左右。
另外在師一級的作戰單位之外，增設一個團一級的獨立作戰單位，通過裁撤一些部隊的同時，以留下的人員組成獨立騎兵團、獨立工兵團、獨立炮兵團、獨立輜兵團等獨立兵種的部隊，平時不編入作戰師，但是在戰時可隨時按照需要，將這些獨立團編入到作戰集團之中，作為補充和加強使用。
對于多出的人員進行裁撤，不足的人員進行以其他軍中裁撤之后留下的精兵進行補充，使之都達到齊裝滿員狀態。
原來大中軍共劃分成了四個鎮軍外加一個戰區，另外還有一個直屬近衛軍，這一次趁著整編的機會，肖天健又一次對大中軍進行了重新劃分。
取消鎮軍稱呼，并且效仿后世稱呼，將鎮軍改稱為軍區，成立西北軍區、中原軍區、北方軍區、西南軍區、東南軍區、遼東軍區以及一個近衛衛戍軍區，共七大軍區。
軍區長官的稱呼也改稱為軍區司令長官，下設一個參謀長直領一個軍區參謀部，另設兩個副司令長官，來構成軍區指揮系統，根據其作戰任務的強度不同，各轄四個到七個作戰師不等。
西北軍區還是主要負責陜西、山西一帶的防務，司令長官繼續由閻重喜擔綱。
北方軍區主要負責河北、宣大、山東一帶的防務，司令長官由刁正擔綱。
中原軍區主要負責河南、湖廣、南直隸一帶的防務，司令長官繼續由劉寶擔綱。
西南軍區則主要負責四川云貴三省的防務，司令長官由李栓柱繼續擔綱。
東南軍區則主要負責浙江、福建、兩廣一帶的防務，司令長官由石冉擔綱。
遼東軍區則主要負責遼東一帶的軍務，司令長官由羅立擔綱，但是暫時遼東還被建奴控制，遼東軍區暫時駐于已經改稱為北平府的順天府和永平府，一部分暫時駐于山東登萊一帶，下一步大中軍勢必發動第二次北伐，光復遼東之地，遼東軍區方能移駐到遼東。
還有一個近衛衛戍軍區現在情況比較特殊，暫時駐在南直隸，負責拱衛現在的臨都南京，和中原軍區防地有所交叉，但是大中朝已經決定，今后會定都北京，所以今后衛戍軍區會隨著都城的遷都，也會移至北平府駐防，第一任司令長官由劉耀本擔綱。
至于其他跟著肖天健出身的陸師大將們，則基本上都出任了各軍區的副司令長官，但是因為趙二驢因為和李栓柱素有間隙，肖天健將其調至了東南軍區做了石冉的副手。
本來肖天健是想要讓羅汝才出任東南軍區司令長官的，這作為他對羅汝才這么多年來，對他一直俯首帖耳鼎力支持的一種嘉獎，但是在年初攻打云南之戰中，羅汝才卻在軍前得病，險一些丟了性命，雖然后來在一些名醫的努力下，保住了性命，但是身體卻大不如從前了，羅汝才自己也知道沒法繼續在軍中干下去了，平定云南之戰結束之后，羅汝才便主動請辭，要求回鄉榮養。
于是肖天健只好授羅汝才為定南伯，準其退出軍中，并在南京城授其一座大宅，作為他退役之后榮養之所，并且由大中朝終身供養，作為對羅汝才這些年來功勞的回報，羅汝才欣然同意，就此退出了軍中，回到了南京城榮養。
但是就在這次的大整編定下來之后不久，閻重喜也因為舊傷復發一病不起，無法繼續擔任西北軍區司令長官之職，于是也請辭退役，肖天健感念于閻重喜勞苦功高，準其退役，授其為三等平西公，在洛陽授其府邸，供其頤養，西北軍區司令長官則改由李凌風繼任。
除了陸師之外，海軍方面也進行了整編，原本統一的海軍，以松江府長江口為界，劃分成了北方海師和南方海師兩個部分。
劉江出任海軍總司令長官，原海軍大將蕭如風出任北方海師司令長官，劉巖明出任南方海師司令長官。
原來海軍船只和人員重新劃分，將一批兵將和船只劃撥到了原本實力很弱的北方艦隊，大大擴充了北方艦隊的實力。
而北方艦隊的總部則沒有選在原本設施比較好的登州，而是被肖天健指定選在了浮山所，也就是后世的青島，另外船隊的駐地也選擇在了浮山所和威海衛以及登州三地，作為北方海師的主要靠泊補給基地。
至于南方海師的總部則設在了寧波府，船隊駐泊地則主要以舟山、溫州、泉州、廣州四地為主要停泊之地。
整個對軍隊整頓持續到天元三年年底才徹底結束，所有軍隊完成了整編和裁員以及換防等事務。
至于海軍方面在平定海南島之后，提出的要出兵征討臺灣，逐走霸占臺灣的荷蘭人之事，肖天健暫時給壓了下去，原因無他，只因為隨著南方諸省的平定之后，大中朝下一步用兵的重心要迅速朝北方傾斜，盡快解決盤踞在遼東的建奴，暫時肖天健不想兩線用兵，只等解決了建奴這個大麻煩之后，他才會下手解決臺灣甚至于琉球國乃至是呂宋的問題。
但是雖然南方諸省永歷之亂雖已平定，但是永歷帝朱由榔卻并未被大中軍擒獲，在大中軍攻占云南的時候，朱由榔見勢不好便在一些死忠的隨扈之下，落荒逃入了緬甸，被緬甸王收留。
這件事令肖天健很是不喜，歷史上朱由榔也是逃到了緬甸，可是沒想到這一次他早于歷史十幾年的時間，卻還是沒有抓住朱由榔，于是肖天健著令李栓柱在平定云南之后，派兵出征緬甸，對緬甸王施壓，迫使緬甸王交出朱由榔。
在天元三年底的時候，李栓柱派出了一支由兩個西南軍區的輕裝山地師從云南出發，進入了緬甸，開始對緬甸王朝用兵，但是緬甸北方山林密布，氣候條件和道路條件相當惡劣，雖然大中軍入緬，但是這一場仗注定不會打的很順利，短時間之內估計不會取得太大的成效，但是肖天健認為，這是一場不對稱的作戰，并不需要投入太多的戰力，消耗太多的資源，遲早還是可以解決緬甸的問題的。
最起碼這一次西南軍區入緬作戰，也要將整個緬北給納入到大中朝的國土之中，逼迫緬甸王對大中朝俯首稱臣不可，但是這樣的小規模作戰，他就全權交給了李栓柱負責，至于他的精力，則開始再一次放在了北方。
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