小說指南 日軍偷襲珍珠港計劃所有的細節都考慮得非常周密。
小說指南首先在兵力編成上，既要求具備強大的突擊威力，又要避免編隊過于龐大而被發現。最終確定為航空母艦6艘、戰列艦2艘、重巡洋艦2艘、輕巡洋艦1艘、驅逐艦11艘、潛艇3艘、油船8艘，共計33艘艦船。艦載機共計423架，其中擔負突擊任務的354架，其中九九式俯沖轟炸機131架，九九式水平轟炸機104架，中島B5N2九七式魚雷機40架，三菱A6M2零式戰斗機79架，其余69架飛機則負責保護編隊安全。
所有攻擊兵力分為突擊編隊和先遣編隊，突擊編隊司令為南云忠一海軍中將，下轄六支部隊：空襲部隊，由南云直接指揮，包括“赤城”號、“加賀”號、“蒼龍”號、“飛龍”號、“翔鶴”號和“瑞鶴”號6艘航母，任務就是出動艦載機攻擊停泊在珍珠港的美軍戰列艦和航母。
警戒部隊，由第一驅逐艦戰隊司令大森仙太郎海軍少將指揮，編有“阿武隅”號輕巡洋艦和“谷風”號、“浦風”號、“濱風”號、“磯風”號、“不知火”、“霞”號、“霰”號、“陽炎”號和“秋云”號9艘驅逐艦，負責為空襲部隊和補給部隊提供警戒。
支援部隊，由第三戰隊司令三川軍一海軍中將指揮，編有“比睿”號、“霧島”號2艘戰列艦和“利根”號、“筑摩”號2艘重巡洋艦，負責為空襲部隊提供支援，主要是對付美軍的大型水面軍艦。
巡邏部隊，由第二潛艇大隊司令今和泉喜海軍大佐指揮，由“伊—19”號、“伊—21”號和“伊—23”號3艘潛艇組成，在編隊航線前方航行，擔負偵察警戒。
中途島破襲部隊，由第七驅逐艦大隊司令小西要人海軍大佐指揮，由“潮”號、“漣”號2艘驅逐艦和“尻矢”號補給艦組成，任務是炮擊中途島牽制美軍。
補給部隊，由“極地”丸、“極東”丸、“健洋”丸、“國洋”丸、“神國”丸、“東邦”丸、“東榮”丸和“日本”丸等7艘油船組成，負責為編隊進行海上加油。
先遣編隊由第六艦隊司令清水光美海軍中將指揮，先于突擊編隊出發，下轄六支部隊：
第一潛艇部隊，由第一潛艇戰隊司令佐藤勉海軍少將指揮，下轄“伊—9”號、“伊—15”號、“伊—17”號、和“伊—25”號4艘潛艇，在瓦胡島東北展開，攻擊美軍可能出動反擊的艦艇。
第二潛艇部隊，由第二潛艇戰隊司令山崎重暉海軍少將指揮，下轄“伊—1”號、“伊—2”號、“伊—3”號、“伊—4”號、“伊—5”號、“伊—6”號和“伊—7”號7艘潛艇，在瓦胡島與考愛島、莫洛凱島之間的考愛海峽、卡伊威海峽展開，監視并伺機攻擊美軍。
第三潛艇部隊，由第三潛艇戰隊司令三輪茂義海軍少將指揮，下轄“伊—8”號、“伊—68”號、“伊—69”號、“伊—70”號、“伊—71”號、“伊—72”號、“伊—73”號、“伊—74”號、“伊—75”號9艘潛艇，在瓦胡島以南海域展開，攻擊美軍可能出動反擊的艦艇。
特別攻擊部隊，由第三潛艇大隊司令佐佐木半九海軍大佐指揮，下轄“伊—16”號、“伊—18”號、“伊—20”號、“伊—22”號和“伊—24”號5艘潛艇，各攜帶1艘袖珍潛艇，在空襲前將袖珍潛艇放出，由袖珍潛艇自行潛入港內，必須在第一攻擊波開始后才能乘亂從水下發射魚雷進行攻擊。
要地偵察部隊，由2艘潛艇組成，“伊—10”號偵察斐濟、薩摩亞群島，“伊—26”號偵察阿留申群島。
補給部隊，由“隱戶”丸、“東亞”丸、“新玉”丸、“第二天洋”丸、“日立”丸、“富士山”丸6艘油船組成，部署在本土和夸賈林群島，為先遣部隊的潛艇提供燃油補給。
為了保證兩個編隊的密切協同，山本規定一直到攻擊開始前四天，都由南云統一指揮。航線選擇方面，從日本本土到珍珠港，通常有三條航線：一是經阿留申群島的北航線；二是經中途島的中航線；三是經馬紹爾群島的南航線。這三條航線各有利弊，北航線遠離美軍岸基航空兵的飛機巡邏范圍，而且一般無商船航行，便于隱蔽。但氣候惡劣，風大Lang急，海上加油比較困難。中、南航線，氣候宜于航行，但來往商船頻繁，而且距美方島嶼較近，易被美軍發現。經過再三比較，特別是出于保密的考慮，最后日軍選擇了北航線。
先遣編隊全部由潛艇組成，可以隱蔽地開赴戰場，所以沒有規定航線，只要求避開美軍岸基飛機巡邏即可。
突擊機群起飛海域的距離，也是經過認重考慮的。太近容易被發現，太遠又會使飛行員疲勞，影響戰斗。幾經研究，最后選定起飛海域為瓦胡島以北200海里（約合370千米），即北緯42°，西經170°海域。根據當時日軍飛機的航速推算，從起飛到飛抵珍珠港需要約二小時。而且在艦載機起飛后，航空母艦便后撤一段距離。這樣一來，日軍飛機去時航程近，返回時航程稍遠。美軍如果派出飛機追擊，那么往返航程都增加不少，增加美軍追擊的困難。
