清軍大敗，秦軍連破徐州、鳳陽、壽州的消息傳到福建，鄭芝龍憂心仲仲，他一邊穩住甘南，一邊暗中籌備攻臺事宜，修草船只，整頓軍隊，準備糧草與武器，一切做得很隱密。
秦元年十二月二十三日。鄭家的艦隊在金門料羅灣集結完畢，共計兩萬五千人馬，數百艘戰艦，由鄭芝豹率領，浩浩蕩蕩，揚帆離開海港，向東駛去。
這次攻打臺灣島，鄭家軍士氣還是很高的。因為他們曾多次擊敗荷蘭人。
荷蘭人是在明朝天啟四年五月被大明水師在澎湖擊敗后，才退到臺灣南部的。也是顏思齊與鄭芝龍等人密謀推翻日冇本幕府，未果而逃向臺灣島、并開始了臺灣大拓荒的一年。
鄭芝龍接受明廷招安后，活動范圍新漸轉移到了福建沿海地區，對臺灣的控制力下降了很多口荷蘭人趁機不斷坐大，并曾試圖打破鄭芝龍在遠東貿易的壟斷地位：
雙方開戰幾回，基本都是以荷蘭人失敗告終，尤其是在料羅灣那場大海戰中，荷蘭人遭到空首的慘敗。
和普通士兵的樂觀相比，主帥鄭芝豹卻沒有那么樂觀，他對荷蘭人的情況比較了解，知道這是一場硬仗，可不好打。
這幾年來，荷蘭人在臺灣的實力在不斷加強，他們雖然只筑了兩座城，熱蘭遮城與赤嵌城。這兩座城堡也與中冇國的城池不同，面積不大，但是純粹的軍事用途，非常堅固，一般火炮怎么轟也奈何不了它。
荷蘭人在島上的駐軍目前有一千八百人，聽起來雖然人數不多，但是他們的武器裝備非常精良 首先荷蘭人的大型戰船非常利害，鄭之豹他們稱之為夾板船，這種夾板船由兩層甲板所構成、它采用了被調低的船首，以及延長了的船身，令它在水面航行時有著前所未有的穩定性：同時減低了其前舷的風阻：每艘艦配備有三至五根桅桿，除了最后一根桅桿使用三角帆外，它大多都配以橫帆作為船帆，航行速度得以提高，亦易于操舵。每艘夾板船裝備有二十五門以上的大炮，最多者多達四五十門。火炮威力要比鄭家軍強大：其次荷蘭人基本上都使用西洋人制造的最先進的來復槍。這種來復槍據說射程遠，精度高，威力非常驚人。
這次鄭芝豹足足帶了兩萬五千人馬，五六百艘戰船，如此興師動眾，就是出于對荷蘭武器精良的忌憚。對于鄭家來說，此戰必須取勝，否則鄭家就連條個安身之所都沒有。
懷著這樣的心情，鄭芝豹率領著浩大的艦隊順風東去，第一天的航行非常順利，次日，艦隊抵達澎湖列島。
在澎湖列島休整一天后，鄭家艦隊繼續向東航行，但遇上了大霧，好在鄭芝豹他們這對附近的航道比較熟悉，到了中午，大霧散去，碧空如洗，萬里無云，鄭芝豹下令滿帆全冇速前進。
次日拂曉，艦隊抵達臺灣島外沙線，天亮時，駛抵鹿耳門。
此時天下起了大雨，海上一片蒼茫，而且此處暗礁很多，再前進十分危險。
士兵們因此變得躁動不安起來，有將領勸鄭芝豹暫時退去，等天氣轉好之后再來進攻。
鄭芝豹知道一但退去，士氣必定低落，于是鼓舞大家道：“這雨早不下遲不下，這個時候才下，正是老天爺在幫助咱們，為咱們隱藏行蹤。紅毛鬼子一定想不到咱們會在這樣的天氣來攻打他們，大家不要怕，咱們只要堅持住，必定能打紅毛鬼子一個猝不及防。”
赤嵌城與熱蘭遮城離得不是很遠，臨海一面有許多小島嶼，進入的航道主要有兩條：
一條為北航道，又稱為鹿耳門港道，這條港道水文條件十分復雜，港道曲折迂回，且水深較淺，水底皆沙，縱橫布列，大船進入十分困難。只有熟悉航道的人才能從稍深處覓港出入，港路窄狹，僅容兩艘船平行。
另一條為南航道，又稱為大港道，入口處狹窄，水深可進出大船，不過熱蘭遮城就筑在此處，荷蘭人的炮火可以覆蓋整個航道入口。
鄭家兵力是荷蘭人的十倍，但果不能登陸，兵力的優勢就體現不出來，所以能不能打敗荷蘭人，關鍵在于能不能順利搶灘登陸。
為了避開荷蘭人的炮臺，鄭芝豹選擇由北航道鹿耳門港道進去。這條航道狹窄曲折，非常難走，在鄭芝豹的鼓舞下，鄭家軍于是冒雨繼續前進，一路上險象環生。
好在鄭之龍是個有心人，當話他來給荷蘭人當翻譯時，曾將這條航道繪成圖紙，前陣子準備攻打臺灣后，又派人借假貿易為由來勘查過。
為了安全起見，鄭之豹還派兩條小船在前面探路，小船兩側各釘著一根比大船吃水略深的木竿，一但木竿觸底，就退回來從新探路。
這次來攻打臺灣的日子也是精心挑選過，并非亂來，鄭芝豹又仔細算過行程，此時恰值大潮，海水漲潮，海面上升數尺，就這樣，鄭軍中的船只居然都順利冒雨入港。
這次行動如此順利，就連鄭芝豹也沒想到，或許真是因天降大雨，掩藏了他們的行動，荷蘭大概做夢也沒想到，在天降大雨視線不好的情況下，竟然有敵人能從鹿耳門港道殺進來。
這支二萬五千人、數百艘戰船的龐大軍隊，在神不知鬼不覺中，成功鉆到荷蘭人的眼皮底下了。
荷蘭人對鄭軍攻打臺灣全無準備，直到鄭家軍出其不意地在鹿耳門成功登陸后，荷蘭人才知道有敵來襲，總督歐沃德，軍事長官馬克里匆忙集結軍隊，前來迎擊。
這時鄭家軍搶先占領了北線尾嶼，北錢尾嶼與鹿耳門南北相接，是控制南北航道的入口處，戰略地位顯著。
馬克里打算先把這個戰略要地搶回來，他派上尉庫斯率三百名士兵，在北線尾嶼的南端登陸，以十五人一排，共計二十排的方陣，逼近鄭軍的陣地。
荷蘭人經常鎮冇壓臺灣人民的起義，由于臺灣人武器落后，又沒有強有力的人領導，每次荷蘭人都能輕易把起義鎮冇壓下去。久而久之，荷蘭人對中冇國人有一種輕視之心。以為一開槍，前面的中冇國人就會象以前一樣，嚇得四散而逃。
他們一邊齊射一邊前進，以首他們以這種方式，無往不利。但這次，鄭家軍以一人高鐵盾排成盾墻，荷蘭人的彈子擊在鐵盾上，未能給鄭家軍造成足夠大的殺傷，鄭家軍在盾墻后以箭雨還擊，反而讓荷蘭人傷亡慘重。
雙方離得很近，鄭家軍的箭雨一波波的拋箭出去，荷蘭人使用熱兵器貫了，身上根本沒有盔甲，噗噗的入肉聲不斷，一個個慘叫著倒地，很快，他們就支撐不住，一個個轉身拔腿而逃。
鄭家軍乘機從掩殺，大敗荷蘭人，一路追到馬克里的本陣，馬克里還有一千多人，但是前面有自己人逃回，他沒法下令齊射，只能讓士兵進行點射，正當他快要穩住局勢之時，鄭芝豹親自率領數千人從后面抱抄而來；
荷蘭人遭遇兩面夾擊，驚慌失措，亂成一團。
鄭家軍士氣如虹，加上兵力是荷蘭人的十倍還多，沖上去猛烈圍攻，荷蘭人很快崩潰，有的舉手投降，有的亡命奔逃，再也沒冇有勇氣抵抗。
其實，這場戰斗，從鄭家軍順利登陸開始，就已經注安了荷蘭人的失敗，何況他們還自如此輕敵大意，以為面對的還是臺灣島上那些不堪一擊的起義軍。
