南方軍攻占武昌的戰斗并不算激烈，只是在漢口有短促的激戰，古小林第七旅部隊橫渡長江，與據守漢口的第二師第四旅（原黎元洪混成協四十二標）發生交火。天天中文（）四十二標的抵抗是自發的，并不算有組織的戰斗，一部分忠于民國政府的軍官控制的部隊在劉家廟、俄租界附近與渡江的七旅十九團、二十一團部隊交火，幾發迫擊炮彈落入租界，事后引發了俄國領事的抗議。民軍的抵抗迅速被粉碎，民軍部隊或者繳械投降，或者脫去軍服丟掉槍械逃散了。而在漢陽方向，南方軍第七旅二十團、第三旅團基本沒有遇到抵抗，被黎元洪重新掌握的第二師第三旅（原二十一混成協第四十一標）放棄抵抗，整體向投降。漢陽鋼廠、軍火廠基本完整地落入了之手。
黃興再次逃脫。估計是走陸路潛往了江寧。但宋教仁、譚人鳳、孫武等人均落入之手，或許他們本就不想走。
至9月27日，武漢三鎮已基本在的控制之下。
龍謙獲悉武昌已經占領，洪粵誠已獲安全，命洪粵誠負責組建武昌軍政府，龍謙自領大都督，立即恢復武昌之秩序，迎接總部的進駐。
電文發出的同時，留駐長沙的總部分批出發，遷往武昌。
龍謙在離開長沙之前，與山東軍、北方軍主要指揮官們就組建全國性的臨時政府以及選擇首都進行了一番函電交馳的討論。寧時俊、陳超、魯山、石大壽均建議龍謙立即北上，以北京為中央政府所在地，因蘆漢線已經控制于之手，交通問題已然解決。自武漢北上，總部可以乘坐火車了。
圓滿完成聯絡袁世凱使命的方聲遠也持同樣立場。方聲遠看的比魯、寧、陳、石等人更遠一些。方聲遠以為。建都之地，不外北京、西安及江寧三地，因國家政治軍事經濟的重心東移，西安已經失去了建都的基本條件——它離軍事政治的核心區域太遠了！比較北京及江寧，北京的條件更好一些——有現成的辦公場所。外國駐華使節均在北京，更主要的是，北京是滿清二百余年的都城，旗人及擁護滿清的力量相對雄厚，又是北洋的大本營，總部及中央政府進駐北京。以其為首都，可以震懾反叛，以利安定。
葉延冰及封國柱建議將首都設在濟南。認為山東乃大本營，民心早附，工業基礎又好，而且。建都濟南，可以安撫為奪取全國政權付出重大犧牲的山東民眾。
王明遠、洪粵誠卻建議將首都設在武昌。武昌位于南北交通的樞紐，湖廣為天下糧倉，又有張之洞數十年苦心打造的工業基礎，具備建都的基本條件。倆人不約而同地提出另一個重要理由，即組建中央政府需要一個過程，萬不可學習孫文的辦法——那本是一個笑話。王明遠認為需要實施一個時期的軍事管制。待全國局勢基本穩定，公開的反對派基本被消滅，然后再從容建立中央政權機構。王明遠認為這個時間至少需要兩年，洪粵誠則認為需要一年足夠。武昌可作為總部駐地，待條件具備，再從容議定首都的所在。
龍謙當然也問了司徒均的意見。司徒均一貫是從軍事上考慮的。因此司徒均贊同將首都定于北京。除了方聲遠魯山等人陳述的理由外，司徒均認為國家面臨的軍事威脅在北不在南，將政治中心設在北京，有利于穩定北方局勢。為此，司徒均詳細闡述了他對于東北、西北以及蒙古地區的軍事展開。認為必須將大批部隊調入北方，建都北京更有利于軍事問題的解決。司徒均甚至認為，應當立即將北方軍的一個師調回東北，展開于吉林、黑龍江一線，目前關東只有降將張作霖一個實力很弱的二十一師太單薄了。
龍謙沒有表態。他雖有自己的看法，但還是需要好好想一想。
龍謙對司徒均說，“分兩步走。第一步先到武昌，總部暫設武昌，指揮正向西南進軍的第二師及向東南進軍的第三、第一師，待解決東南及西南后，我們再確定首都的地址。
明遠考慮先軍事管制一段時間是對的，目前必須采取此種方法。但必須考慮著手組建中央政府了。當然，我們可以暫時由總部代行中央政府的職權。待中央政府初見雛形，再將軍事指揮機關與民政機構分離出來。對于軍事指揮機關的組建，你要多想一想，戰時機構和和平時期是不一樣的。
目前的問題依然是軍事第一，立調宋晉國來武昌主持聯勤總部業務，等老宋到來后，將連樹鵬派回廣東留守，并保障明遠第三師的后勤保障。我考慮，為了實施全國性的軍事管制，目前有必要設幾個大軍區，東南軍區，包括福建、浙江、江蘇、江西諸省，以王明遠為司令官，封國柱為副。任務是平定東南，促使民國政權的垮臺和轉變。目前情況下，東南軍區的司令部設杭州為妥。西南軍區，包括云南、貴州、四川及西藏，以藍心治為司令官，司令部設成都。西北軍區，包括陜、甘、新疆諸省，暫以吳念為司令官，待東南平定，可調封國柱為司令，吳念為其副手，完成向西北的進軍。停在河南的第七師立即西調，進駐西安，西北軍區司令部就設在西安。北方軍區，以魯山為司令官，轄區包括關東三省及直隸、山西兩省。司令部暫設北京。中央軍區設在濟南，為全軍總預備隊，同時策應幾個方向。司令官為葉延冰。你看如何？”
“司令考慮的很周到。各大軍區的設立很必要，人選亦妥當。中央軍區除了山東之外，似應將河南、安徽劃入？兩廣及兩湖極為重要，是不是要設立一個南方軍區？”
“嗯，這幾個省暫時不會打仗了。可以。但我想不出要誰來領銜鎮守南方？”
“北方軍人才濟濟，是不是調石大壽或者范德平來？”
“他們熟悉北方氣候及地形，而且，你說的對。北方最薄弱，尤其是東北。我有意在奉天設立北方軍區的前進指揮機構，以石大壽為司令官，同時兼任北方軍區的副司令。”
“連樹鵬抓后勤是好的，但他從未打過仗，沒有指揮作戰的經驗，第二師西征。南方須有一員大將鎮守方可。司令不從北方軍調人是有道理的，看來還是缺少人才啊。”
“看出我們的問題了？且不說民政人才的短缺，便是軍事將領，也是捉襟見肘啊。南方軍區可以考慮胡宗玉領銜，他對廣東情況比較熟悉。你要知道，將總部軍事指揮機構正規化。也需要從各部隊抽人，比如鄧清華，比如商鳳春……”
“嗯，這兩個人都不錯。”
“這樣，咱倆就談一談軍隊問題。你一定有成算了，全國性的軍隊展開，還需要組建幾個師？”
司徒均明白龍謙要考慮各軍區部隊的配備后再定南方軍區司令官人選。“是的，我們做了計算，先說西南。第二師基本夠了，但他們兵力展開不理想，應當從武昌派一支部隊西進四川。所以，我建議派郭海昌第三旅入川，從廣西將第六旅（新組建部隊）調回來，配屬中央軍區或者給西北軍區。”
“不妥。六旅基本是廣西子弟，進西北不妥。”龍謙打斷了司徒均的話，“嗯。對不起，你先把你的計劃講完。”
“西北方向，一個兩旅制的第七師經略西北是不夠的。應當從北方軍部隊調出至少兩個團的騎兵，另外從第六師調一個旅給第七師，勉強可以承擔進軍西北的任務。地方大。那么一點部隊撒開了就不夠了。”
“嗯，接著講。”
“東南方向，兩個師四個旅足夠。待戰事結束，可以調出第一師轉隸中央軍區，或者調回南方軍區，留王司令的第三師鎮守東南。”
“嗯。繼續。”
“接下來就是整頓北洋及民軍部隊了。衡水北洋軍可編為兩個師，一個師調西北，另一個師調給北方軍區。第九旅及黎元洪起義部隊再編一個師，轉隸北方軍區。河南及山西部隊基本是北洋系統，可以再編一個師，隸屬中央軍區。王司令平定東南后，可以以降兵組建一個新師，留在江蘇或者安徽。這樣，北方軍四個師，西北軍兩個師，西南軍一個師，南方軍一個師，東南兩個師，中央兩個師，全軍共計十三師。”
“好。若要滿足全國守備任務，十三個師是不夠的。但目前只能這樣了，不然財政根本吃不消。我的意見，可以將各師區分一下，分為甲乙兩種，甲種師為三旅九團制，乙種師為兩旅六團制。第1、2、3、6、7、9、10七個師為甲種師，其余為乙種師。番號你重新排定。北洋系統三個師，民軍系統兩個師，所占的比例不低了。要統籌解決軍官配備問題，必要的話，可以以團營為單位混編。另外，要擴大山東武備學堂和黃埔軍校的規模，成立更高一級的軍事學院，對各級軍官，包括系統的軍官，分期分批回爐學習，這個，你要立即著手制定計劃。馬上實行。”
“明白。”司徒均頓了一下，“剛才司令未提及寧司令的安排，是要將他調入政府部門嗎？”
“不，我計劃讓時俊來牽頭組建海軍機關。”龍謙微笑道，“但是，我要從軍隊系統中抽調一大批軍官從政了。到時候你不要舍不得。司徒啊，咱們就要勝利了，對于軍隊，我基本的態是不介入政治，純粹一些為好。軍隊也要將軍政、軍令系統分開，軍政嘛，要建立國防部，統管部隊的人事、經費等方面工作，軍令系統就以總參為主了，總參管打仗、訓練，要研究部隊的編制、裝備問題，聯勤部負責后勤，歸屬軍令系統。總政治部的職能劃入國防部。司徒，你就是我軍第一任總參謀長了，是我軍事上的主要助手。但總參不管人事配備，你明白我的意思嗎？”
“完全贊同。司令深謀遠慮，乃國家之福。”
“部隊的編制是一個大問題，目前的大編制師不一定適合各個戰區，要區分對待。剛才你已經講了，西北方向要多配騎兵，我完全贊同。總參還要成立兵種部，比如通訊、軍事情報、炮兵、騎兵、工程兵，有條件了，我還想成立鐵道兵部隊，我們建國后，要大力整頓修建鐵路，沒有完善的鐵路網，將來對西北、東北用兵是不可想象的。另外，還要組建外軍處，加強對外軍的研究。你這個總參謀長，事情多啦。”
“司令想的好遠。”司徒均輕笑起來，“一些問題，是我這個總參謀長應該提出的，司令都想在前頭了。”
“沒辦法啊。很快，我就顧不上軍事了。你說，誰來干國防部長為好？”
“我認為王司令是最好的人選。”
“嗯，但他目前還走不開，我將東南交給他了。你先發一道命令，以總參的名義，封國柱部接受王明遠的指揮。東南戰場，要統一指揮方好。”
“是。我馬上辦。”司徒均想，若是別人，封國柱未必服氣，但王明遠的命令他是不會違反的。很久以來，封國柱一直是王的副手，而且，倆人私交甚篤。
“司令，我考慮解決東南，還需要一路兵馬。”
“你是說盤踞兩淮的張勛？”
“是的。我認為還是要動用六師。六師自山東南下解決兩淮，從北路威脅江寧，萬無一失。”
“但這樣山東就空了。北洋不解決，六師似不能動。”
“袁世凱通電發出，北洋不會作亂了。而且，我建議司令早去北京，你不去，北洋問題不會真正解決。”
“是的，你說的對。可以給山東發個命令了。今天所議之事暫且保密。等咱們到了武昌，再考慮發布組建各大軍區的命令。”
“是，請司令注意休息，小事您就不要管了。到了武昌，您就該忙了。”
“哈哈，聽說我生病時你還哭了一場？不過，司徒啊，我明白你為什么難過。這就是我們目前最大的弊端，將來一定要從制上解決這個問題。你不愿意涉足政治，我清楚。但軍事和政治從來就是緊密相連的，不懂政治的軍人，不會成為一個偉大的軍事家。希望你幫我想一想，如何確定一個合理科學的軍隊管理體制？又要避免軍人干政，還要讓軍人關心國家大事，明白為何而戰？”
“這個，可難住我了。”
“不行啊，大家都要動腦筋才行。怎么能靠我一個人？好了，這事不急，你忙，盡快將總部搬到武昌去！”(
