“噢！上帝！……啊！……呼呼……”卡梅隆緊緊地握住了雨果的手，空閑的左手遮擋住自己的眼睛，害怕自己看到雨果駕駛的飛機墜毀的場面，但內心又不由自主地隱隱期待著。然后她就聽著現場觀眾那連成一片的驚詫聲，感覺所有人都成為了一體，經歷著大屏幕里那令人震驚的飛機追逐戰。
外星戰機對史蒂夫駕駛的飛機窮追不舍，由于史蒂夫根本打不透外星戰機的防護罩，所以他完全沒有還手之力，只能依靠自己高超的技巧進行閃躲，整個場面險象環生，現場觀眾更是驚呼連連，最后，史蒂夫利用時間差，將自己的降落傘放出，罩住了外星戰機的視野窗，然后選擇緊急彈出座艙，讓自己的座機撞向懸崖，外星戰機失去視野之后一時閃躲不及，也撞在了懸崖上。
剎那間，全場觀眾都松了一口氣，卡梅隆也松開了雨果的手，拍了拍胸膛，這才放松了下來。
不過，外星戰機由于出色的防護罩，所以并沒有爆炸，只是損壞失靈了，跌落在荒無人煙的戈壁灘上，史蒂夫將失去防護罩保護的機艙打開，卻看到外星人直接躥了出來，史蒂夫想起了剛才犧牲的戰友們，怒不可遏，咬著牙齒說著“歡迎來到地球”，然后狠狠地給了外星人一拳，外星人直接就滿眼金星暈倒了。
現場爆發出一陣笑聲，這種細瑣的小幽默幾乎可以說是穿插在電影的各個角落，讓人會心一笑的同時，也對緊繃的節奏和氣氛起到了緩和作用。
與此同時，在最后一刻逃出生天的賈思明，帶著迪蘭在廢墟之中艱難地行走著，看著眼前那片荒無人煙的土地，頓時有一種難以言喻的茫然。但是賈思明還是堅強地帶著迪蘭一步一步地尋求著生機。
迪蘭始終乖巧而堅強地跟在賈思明身后，她找到了一輛暗紅色的卡車，然后一路跌跌撞撞地前進著，在這一路上，遇到了不少滿身瘡痍的幸存者們，賈思明都將他們帶上了車，堅定地朝著史蒂夫戰隊所在的基地開去，路上她甚至意外拯救了直升飛機意外墜落的第一夫人，第一夫人此時腹部受傷，根本無法獨立行走，但還是在賈思明的幫助下，一起搭上了這輛風塵仆仆的開車。
等賈思明一行人抵達基地時，這才發現，基地也已經變成了一片廢墟。原本一直支撐著賈思明走下來的就是與史蒂夫的匯合、還有對基地的期許，但現在，一切都毀于一旦了。賈思明試圖想要和外界聯系，不管是史蒂夫還是總統，至少需要了解到外面的情況，但卻一籌莫展。
絕望之中，賈思明的眼眶也不由溫熱了，史蒂夫此時生死未卜——因為她知道，當戰爭開始時，史蒂夫就是站在最前線的炮灰，看著自己身邊從不吵鬧的迪蘭，賈思明卻知道，她不能軟弱，如果就連她都放棄希望了，那么迪蘭應該怎么辦？其他這些因為受傷而生命垂危的人又應該怎么辦？
賈思明擦干了眼淚，終于振作起來，帶領這一群幸存者們在基地駐扎了下來，等待著救援，或者等待著毀滅。
空軍一號逃出生天之后，總統和幕僚們發生了激烈的爭執，激進派主張使用核彈，但卻遭受到了許多人強烈地反對，因為當初在日本投射核彈的戰后災難，至今都沒有能夠平復。使用核彈之后，即使驅逐了外星人，可是留下一個傷痕累累的地球也依舊無以為繼，這無疑是飲鴆止渴。
爭吵之中，托馬斯總統這才知道，原來美國居然有一個就連他都不知道的五十一區。五十一區一直都是美國民間傳說中的存在，電視劇“X檔案”里就提到過，這是一個專門研究外星人和UFO的軍事基地，是美國政府的最高機密。可是，由于國防部長個人的政治野心，全新上任的總統卻對此一無所知，這才沒有能夠提前預防慘劇的發生。
為了對抗外星人，空軍一號前往了五十一區羅斯維爾基地。
電影院里剎那間開始騷動起來，關于外星人、關于五十一區的討論始終都沒有停止過，人們都渴望著能夠探知神秘的宇宙太空，而“獨立日”里不僅將外星人帶了出來，而且將五十一區真實地呈現了出來。
在五十一區里，觀眾們不僅看到了六十年代降落在地球的外星飛船，而且還看到了被保存在巨型玻璃瓶里的三個外星人殘骸，這讓整個電影院都沸騰了起來。
“他們和我們有很多相似之處，他們呼吸氧氣，冷熱承受程度和我們差不多，這可能是他們對地球感興趣的原因。”五十一區的帶頭科學家興奮地解釋著，他的話語引發了電影里更加嘈雜的議論聲，似乎每一個人都在發表著自己的意見，但同時又不得不壓抑自己的聲音，因為沒有人想要錯過電影的任何一個部分。
就連史蒂文斯皮爾伯格也不例外，他就像個孩子一般，得意洋洋地對著身邊的凱文彭斯說，“我告訴過你，五十一區是絕對存在的，外星人也是！”
史蒂文的這份童心和信仰，曾經創造出“外星人E。T”這樣的佳作；而喬治盧卡斯顯然也是外星文明的擁護者，于是這才有了“星球大戰”。不僅僅是史蒂文和喬治，現場每一個觀眾都是驚嘆連連，相信的，不相信的，都在悉悉索索地發出感嘆聲，這讓凱文不由笑了起來，就連他自己，在這一刻都不由自主地反問到：外星人，真的存在嗎？
雨果飾演的史蒂夫拖著外星人的尸體在戈壁上艱難前行著，他知道著五十一區的存在，而此時他距離五十一區并不遠，所以他打算前往那里報道。在前進的道路上，他遇到了逃亡的車隊，在這個平民組成的逃生組織里，他遇到了退役老兵羅素。
羅素是一個退役的黑人飛行員，但他曾經參加過越南戰爭，負責駕駛戰斗機，從戰場上回來之后，他就開始酗酒，幾年之前，他宣稱自己被外星人綁架，并且被外星人拿去做實驗。可是從來沒有人愿意相信他，包括他自己的孩子，還有他曾經的朋友，他們不僅不相信他，還拿這件事嘲笑他，樂此不疲。這讓羅素酗酒更加兇猛，昏天暗地，甚至因為欠了一屁股的酒資，而被小混混毆打。
可是現在，地球遭受了外星人的襲擊，人們終于意識到，羅素說的很有可能是事實。
羅素帶著自己的孩子們踏上了逃亡之路，遇到了史蒂夫之后，在史蒂夫的帶領下，朝五十一區進發。他們抵達了五十一區之后，史蒂夫所捕捉到的外星人就立刻被那些科學家們拿去進行研究。
科學家們試圖解剖這個外星人，進一步了解它的身體構架。可是打開包裹在外星人外面的生物保護外殼之后，卻發現，這個外星人并沒有死亡，只是昏迷而已，此時它終于蘇醒了過來，殘忍地殺死了在場所有的科學家。
趕到現場的總統和軍隊高層試圖和外星人講和，但卻發現根本行不通，外星人甚至試圖用音頻攻擊殺死總統，于是他們開槍瞄準了缺少防護罩保護的外星人，成功地殺死了這個外星人。此時托馬斯總統才意識到，“他們就像蝗蟲一樣，從一個星球到另外一個星球，他們全部出動，等自然資源枯竭之后，他們再前往下一個星球。現在，輪到我們了。”
這就是一場不是你死就是我活的戰爭，沒有商量余地，在如此壓迫之下，托馬斯總統咬緊牙關，決定下令使用核武器，只要能夠打破外星人飛船的防護罩，消滅外星人，成功保護地球，他們將不惜一切代價。
史蒂夫和托馬斯總統匆匆見面之后，卻沒有時間領取自己的戰功，然后就從將軍那里得知，他所在的基地已經被徹底毀滅了。聽到這個消息之后，史蒂夫陷入了絕望之中，因為他知道，賈思明會帶著迪蘭前往基地，即使他們能夠在外星人飛船的第一波攻勢之中生存下來，即使他們能夠在基地的毀滅戰之中生存下來，但現在他們也已經無依無靠了，生命隨時都可能有危險。
史蒂夫甚至不愿意去思考其他的可能性，他只知道自己必須前往基地，于是，他違反軍令，搶走了一輛直升飛機，專門前往基地。奇跡般地，史蒂夫在基地里找到了賈思明和迪蘭，還找到了行蹤不明的第一夫人，成功地將她們帶回了基地。
正當史蒂夫脫離大部隊獨自前往營救眾人時，托馬斯卻做出了一個艱難的決定，下令發射核導彈。強大的核導彈成功集中了盤旋在洛杉磯上空的外星飛船，驚天動地的爆炸、漫天漫地的塵埃讓所有人都歡呼起來，電影院里更是響起了一片尖叫聲，可是羅杰埃伯特卻知道，故事肯定沒有那么簡單，如果就這樣結束的話，高潮部分就太沒有意思了。
果然，正如羅杰所料，作戰室里的眾人還沒有來得及進一步慶祝，現場就傳來了確認的消息，防護罩依舊沒有被攻破。即使是目前地球上最強大的武器，也沒有能夠攻破外星飛船的防護罩，這是不是也就意味著，人類只能束手就擒了？
那種絕望的情緒讓所有人都安靜了下來，整個電影院再次陷入了一片安靜，不同于之前外星人轟炸各大城市的安靜，此時的安靜就像是一片死寂，依舊可以聽到那輕微的呼吸聲，但卻彷佛所有人都被黑暗牢牢包圍，無法掙脫。窮途末路，大抵就是如此了。
