德軍在兩周內攻占了波蘭后，納粹下令波蘭全境的猶太人必須集中到指定的城市進行登記，每天有一萬多名猶太人從鄉村來到克拉科夫。
在克拉科夫的猶太人推舉了24名猶太人組成委員會幫助被集中到該城的猶太人解決住宿膳食，分配勞役和排解紛爭等問題。
奧斯卡辛德勒身材高大、相貌英俊、舉止風流倜儻，不但是個唯利是圖的投機商人，還是一名納粹黨員 他懂得人性的弱點，擁有著高超的交際手腕，在酒店及各種社交場合大灑金錢，慷慨地結交德官和黨衛軍頭子，利用他們的貪婪為自己創造發財的機會。
辛德勒找了一個曾在利勃茲一家搪瓷廠當過會計，名叫伊扎克斯泰恩的猶太人，用盡手段買下了那個經營不善的搪瓷廠以生產食用器皿，供應軍需，發戰爭財，并要斯泰恩當他的會計師和助手來管理工廠。
資金重新到位，工廠重新命名為埃馬利亞，鑒于黨衛軍的規定——雇傭猶太技術工人每天工資7馬克，其他工種和女工每天5馬克，但必須直接全部付給政府財政部門，猶太人分文得不到。
于是，猶太人成了辛德勒當然的選擇對象，而斯泰恩仔細地給應征者有效的指點，幫助同胞找到合適的去處，還暗中偽造了各種資格證書給那些不具備進廠條件的教師和音樂家，以躲避被抄上黑名單讓德軍推上卡車送走。
這個時候的奧斯卡辛德勒，就是一個貪得無厭的商人和花花公子，他與其他的納粹黨徒沒有太多的區別，猶太人在他的眼中，僅僅是可以利用的工具，能讓他實現發財夢的奴隸而已。
不久之后，阿蒙葛斯來到了克拉科夫，猶太人的災難拉開了序幕，他第一次出場。就命令手下槍殺了一名盡職盡責的猶太女工程師，將自己邪惡瘋狂的本性展露無疑。
在上級的命令下，他帶領黨衛軍開著軍車帶著成群的狼狗進入了猶太區，克拉科夫一片肅殺之氣，猶太人個個如驚弓之鳥。
這是一段長達二十分鐘的悲慘戲份，用無數猶太人的凄慘遭遇，向世人訴說了克拉科夫大清算這段殘酷的歷史。
腥風血雨中，和情婦騎馬歸來的辛德勒駐足小山坡，眼前的一切使他受到了極大的震撼，一個身穿紅衣的小女孩。在屠殺場中蹣跚而行。躲過了一個又一個的危險。終于為自己找到了藏身之所。
在黑白鏡頭中，那一抹的紅色是如此的鮮艷，如此的觸目驚心，就像是猶太人流出的鮮血。奧斯卡辛德勒的目光緊緊跟隨者她，似乎想要看透對方的命運。
這震撼人心的慘劇，使得辛德勒慢慢產生了轉變，內心之中不可遏制的產生了同情，此后他在對待猶太人方面有了改變。
望著空無一人的工廠，辛德勒憂心忡忡，思慮再三后，他決定去找黨衛軍司令官阿蒙葛斯，讓他批準將埃馬利亞工廠定為一個附屬勞役營。重新恢復生產。
納粹軍官推說要達到目的須具備很多條件，以此乘機狠狠賺上一票，辛德勒自然心領神會，表示只要鼎力相助，他定會給以令人滿意的報答。
辛德勒來到普拉紹夫勞役營。乘機和斯泰恩見了面，斯泰恩告訴他到時別忘了給黨衛軍軍官及家屬的生日送禮，還必須按時孝敬財政部和軍需局的人，黨衛軍司令部的費用每個月的第一天就得送去。以此來換取獲準開設集中營金屬加工廠的權利。
在德軍瘋狂屠殺猶太人的日子里，這個工廠成了眾多猶太人的避難所，辛德勒慶祝生日時，工廠里的猶太姑娘帶著一個猶太女孩，也捧著他們的蛋糕，代表全體工人祝他生日快樂，辛德勒也親吻了她們，但他沒料到由此卻惹下了禍端。
蓋世太保逮捕了辛德勒，罪名是違反了小胡子的種族法規，無意中吻了那位送蛋糕的猶太姑娘，阿蒙葛斯向蓋世太保頭子朱利斯解釋，并為辛德勒說情，用錢解決了問題。
當然，他之所以幫助辛德勒，只是為了能從對方手中榨去出更多的錢財。
很快，阿蒙葛斯下令把有病的猶太人全部消滅掉，聽軍官說要脫衣檢查身體，女人們紛紛弄破手指擠出血來涂在臉上、唇上增加血色，對于他們來說，這就是天堂和地獄的界限。
1944年4月，在克拉科夫和普拉紹夫猶太人居住區中被殺害的猶太人已超過一萬，然而，隨著戰事不利，納粹想要毀滅大屠殺的證據，阿蒙戈葛斯奉上級之命挖出早已埋葬的尸體焚化，并把剩下的猶太人運往奧斯威辛集中營。
克拉科夫籠罩在了滿天的‘雪花’之中，無數猶太人的骨灰，灑遍了大街小巷，雖然只是黑白畫面，但這樣的鏡頭還是給人以巨大的沖擊力。
本來，辛德勒還在為汽車上落下的骨灰不滿，但當他來到焚化爐時，又看到了那一抹紅色。
紅衣小女孩躺在尸體堆中，生命早已離她而去，鮮艷的紅色不僅刺痛了辛德勒的眼睛，還刺痛了他的心靈，這一刻終于開始了蛻變，由一個同情者邁上了成為英雄的道路。
眼看工廠將難以為繼，辛德勒打算回家鄉去，可斯泰恩說可以繼續開廠，當然得另雇新工人，辛德勒發自內心地感激他，一行眼淚從前途未卜、生死難料的會計師斯泰恩的眼中滑落。
那顆被紅色刺痛的心猛然喚醒了什么，奧斯卡辛德勒取出了所有的錢財，來到阿蒙葛斯面前，說他要買下他的工人。
他踏上一條拯救之旅，拯救的不僅僅是猶太人，還有自己的心，自己的靈魂。
在工廠的辦公室里，辛德勒一支接一支地吸著煙，一面向正在打字的斯泰恩口授著名單，他終于用錢買通了阿蒙葛斯和朱利斯，他留下了全部兒童，他拯救了一個又一個無辜的生命，他開列的名單越來越長，這時的他表現的異樣“貪婪”，他一次次地去見黨衛軍頭子，費盡口舌和錢財，只是想要多爭取一些名額。
斯泰恩捧著他打出的長長的名單，雙手顫抖著……
這份機打的名單，就是通往生路的大門，就是辛德勒的名單！
名單的最后一頁，留著一個空白的名額，那是留給阿蒙葛斯的猶太女仆海倫凱絲的。殺人惡魔當然不肯將她交給辛德勒，他表示寧可帶海倫凱絲去樹林，然后朝她的腦袋上開一槍，也不會讓給其他人。
面對辛德勒開出的超高價錢，這個家伙還是退卻了、妥協了，以一萬四千八百馬克將海倫凱絲交給辛德勒去勞役營上工。
名單上的猶太人到廣齤場登記后，將用火車分男女兩批送往捷克的茲維陶布倫利茲——軍火廠所在地，辛德勒告訴先期到達的猶太男人，婦女列車已離開了普拉紹夫，很快將到達軍火工廠。
婦女列車在行進著，車廂里一片歡騰，然而火車卻開到了奧斯威辛集中營，婦女們被命令脫光衣服進行沐浴消毒，傳說中的可怕事情終于降臨到了她們身上，人們一片驚恐。
心急如焚的辛德勒趕到奧斯威辛，向集中營頭子要回他的工人，在軟硬兼施之下，救回了300多名婦女和孩子，他還向工廠中的德軍士兵訓話，不準他們隨便開槍亂殺軍火工廠的猶太工人。
德國終于無條件投降了，辛德勒向全廠工人鄭重宣布，他們從明天起就可以各自去尋找自己的親人了，并回首勸阻守廠的德軍士兵，放下武器，返回家鄉，不要再充當納粹的劊子手，士兵們垂頭悄然離去。
之后，辛德勒提議為紀念無數被殺害的無辜者默哀三分鐘。臨行前，辛德勒吩咐斯泰恩把廠里的東西全部分給工人，工人們從牙齒上取出金子打鑄成一個質樸的戒指，上面用希伯萊文刻了一句經文——拯救一人既拯救全世界！
獲救的猶太人送給辛德勒的不僅僅是戒指，還有一份聯合簽名的書信，證明辛德勒曾經為他們所做的一切！
接下來的劇情，在瑞恩看來，斯皮爾伯格犯了一貫的老毛病，有些過于煽情，奧斯卡辛德勒的獨白未免破壞了前面營造出的那種氣氛。
而且，電影中對辛德勒的美化和藝術加工足夠多了，繼續煽情會留給某些人攻擊的把柄。
辛德勒走了，帶著對前途的迷茫，踏上了逃亡之路，這時的他不會想到，1958年之后，以色列會頒發給他正義勛章，并邀請去耶路撒冷的正義大道上，親手植下了屬于自己的那棵樹。
辛德勒的猶太人獲得了新生，他們同樣的迷茫，不知道該何去何從，那位蘇聯軍官的話，恰如其分的反映出了猶太人現在的處境。
“千萬不要往東走，那里的人很仇視猶太人，我要是你們，也不要往西走！”
數千名猶太人把臂而行，在充滿了希望的歌聲中，鏡頭切換，阿蒙葛斯上了絞刑架，殺人惡魔得到了應有的下場。
