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云隱戰敗的當晚，便連夜向佑介遞交了請降書。
而已經取得云隱兩只尾獸的佑介暫時也并沒有再繼續攻打云隱的打算，向云隱索取了極為高額的賠償后，便接受了對方的投降。
雖然云隱內部依然有不少沖動的忍者堅持寧為玉碎不為瓦全，想要和木葉死戰到底。
不過現在有冷靜派的土臺主持大局，這些聲音都被壓了下來。
也因為這個原因，土臺被不少云隱的忍者詆毀貪生怕死。
不過土臺清楚的知道，在這個危險的時刻，不論有怎樣的壓力他自己都必須要穩住。
土臺之所以這么快敲定向木葉投降的事宜，也是為了防止木葉繼續進攻造成更大的損失。
經過這一次戰役，云隱村已經元氣大傷，最強的幾名忍者損失殆盡。
四代雷影身體雖然被搶回，但是重傷不治身亡，二尾人柱力和八尾人柱力也被木葉活捉。原本在五大忍村中也算數一數二的云隱村現在一下成為了墊底的存在。
如果木葉再繼續發動攻勢，那么云隱的損失就更加不可估量，嚴重的話別說云隱村甚至雷之國都可能會滅亡。
做出投降的決定并送出請降書后，云隱立刻通過傳訊封印陣將消息也通知了霧隱。
（傳訊工具在火影世界是有的，不過顯然沒有普及，只有一些重要的場合會用到）
這倒不是云隱有多么厚道，只是云隱不希望這個時候再和任何其他忍村結怨。
本來這次戰爭就是云隱主導的，如果云隱先投降而不通知盟友，之后導致了霧隱損失慘重，這必然會極大的影響兩個忍村甚至兩個國家的關系。
如果是以前云隱還不在乎霧隱的態度，但是現在的云隱在未來很長的一段時間內都必須要戰戰兢兢的處理外交關系了。
霧隱收到云隱傳來的消息后，內部也是一片嘩然。霧隱高層們也完全沒有想到強大的云隱竟然會失敗，甚至敗的那么徹底。
不過既然作為主攻方的云隱已經投降，霧隱就更沒有理由繼續和木葉戰斗。
霧隱高層立刻召集會議討論向木葉議和，雖然被帶土控制四代水影堅持要打完這一場戰爭，但是村子內部沒有任何一個人支持他。
最終霧隱也在云隱投降的第二天向木葉提出了求和，并且愿意支付這次戰爭木葉與霧隱交戰所有的損失并提供額外的物資賠償。
對于霧隱的求和，如果戰線的主帥是佑介可能還不會這么快同意，畢竟三尾沒有到手，并且佑介的習慣也是將對手先教訓一頓之后再和談。
但是現在主帥是熱愛和平的自來也，見敵人愿意求和并賠償，自然是欣喜的接受了。
霧隱的快速求和，也讓佑介奪取三尾的計劃落空，算是晚了一步。剛剛飛到東邊戰線的分身玄鴉又原路飛回了木葉村，這也讓佑介有些哭笑不得。
不過對此佑介倒并不太在意，有了二尾和八尾，足夠在自己的咒印之中再添一只尾獸，并為每一個弟子也施加一個適合他們的咒印。
當云隱投降、霧隱求和之后，整個忍界都對木葉取得這樣的戰果不可置信。
木葉雖然身為五大忍村之首，但近年來明顯每況愈下。
這種情況下，木葉竟然能夠抵擋住兩個同等級別忍村的進攻，甚至其中還包含隱隱有最強之名的云隱村，這就讓人感到非常的不可思議。
另外，更讓忍界所震驚的就是‘躍云峽戰役’。
由佑介統領的宇智波一族以強大無比的姿態回歸了忍界視線。
身為宇智波一族族長的佑介親得四代雷影重傷不治，并且活捉了完美人柱力奇拉比，隱隱有忍界第一高手威勢。
而不過剛剛十歲就能活捉二尾人柱力的鼬以及擊敗了云隱智將土臺的泉美，名聲也傳遍了忍界。
因為鼬和泉美名揚忍界，同為佑介弟子的兜的信息也被八卦的人挖了出來，但因為沒有實際的戰績，兜廣泛被認為是一個拖后腿的。這也讓兜郁悶了一段時間。
當帶領大軍回到木葉之后，佑介得知三代火影身亡的消息時也是吃了一驚。
因為在戰爭時期，木葉高層暫時封鎖了三代的死訊，佑介也是回到村子之后才知道這這件事。
對于三代，佑介的評價是貶大于褒的。毫無疑問三代是將村子放在第一位的，為了村子三代愿意犧牲自己。
但是三代的軟弱讓他做出許多錯誤的決定，也將木葉從強盛推向了衰敗。可以說如果不是原著之中主角鳴人是在木葉，那么木葉早就完蛋了。
現在三代已經入土，而四代火影還在昏迷當中，整個木葉群龍無首，所有的大事都只能由身為火影首席顧問的佑介來決斷。
這一變化倒是讓佑介十分的不適應，畢竟他除了修煉，還有不少研究需要進行，比如解決泉美萬花筒寫輪眼不斷損耗的問題、或是結合流刃若火的力量開發一些新的炎遁忍術。
由于佑介擊潰云隱為木葉這場戰爭勝利奠定基礎，個人地位和聲望在木葉也已經達到了頂峰，村子中提議佑介成為五代目火影的呼聲也非常高，不過都被佑介全力壓了下來。
對于成為火影，佑介并沒有太大興趣。他的想法是幾年后扶持鼬成為火影，自己隱藏在幕后即可。
現在的確是一個扶持火影上位非常好的時機，只可惜鼬的年齡實在是太小了。
見佑介堅持推辭五代火影之位，眾人也沒有辦法。最后商定給予了佑介火影半袖的榮譽，以表彰他對木葉的功勛。
木葉上一位擁有火影半袖榮譽的忍者，正是木葉白牙旗木朔茂。
戰爭結束之后大約一個月，木葉研究院也已經修建完畢，研究院位于宇智波一族駐地的東側，靠近木葉警務部。佑介便將自己的實驗室以及辦公室正式遷移到了木葉研究院之中。
木葉研究院的修建，可謂是耗資巨大，所有的設備都是忍界最先進的，不少還是從他國進口引入。也幸虧是由火之國大名撥款建造，否則光是木葉根本承擔不起這一費用。
在研究院四周以及內部，佑介設置了大量的結界與封印陣，確保研究院研究成果萬無一失。
而研究院一旁，佑介還規劃了一片空地，用于以后建造一個學院，專門為研究院補充人才。
此時研究院最高層的實驗室中，佑介剛剛完成了從人柱力中抽取尾獸的工作，一旁幾個弟子則乖乖的站著，等著老師來分發尾獸。
實驗室的中央有兩個封印陣，封印陣上都懸浮著一顆散發著強大查克拉力量的光球。
左邊一顆光球呈灰色，里面隱隱可以看到章魚腳一般的陰影，其中封印著的是八尾牛鬼。
而另一顆光球則燃燒著幽藍色的火焰，其中封印著的便是二尾妖貓右旅。
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