湖南戰場明軍主力和入湘屯齊部滿漢清軍對峙期間，孫可望另派兵馬攻入四川南部，意圖占領全川，與此同時清廷也派平西王吳三桂、定西將軍固山額真李國翰帶領所部兵馬由陜西漢中入川。吳三桂、李國翰率部到達四川臨時省會保寧后休整數日即南下，很快推進到成都，奉孫可望之命守衛成都的明總兵林時泰面對遠道而來的清軍卻不戰而降，導致清軍未損一兵一卒占領成都。
林時泰早年參加張獻忠領導的大西軍，張獻忠戰死后，林時泰自感大西軍已無前途，便向清英親王阿濟格投降，阿濟格委他為保寧總兵官。數年后，林時泰聽聞大西軍余部在孫可望、李定國的領導下聯明抗清，遂在潼川反清歸明，孫可望念在昔日情份上令他率本部兵駐守成都。
林時泰再次降清后，吳三桂認為此人反復無常、當年其歸明時清廷又下過明旨要緝捕于他，故而下令將林時泰斬首示眾，其親信部眾1650人盡被坑殺。
清軍占領成都以后，吳三桂坐鎮該城，由李國翰統兵于收取眉州，嘉定，活捉原云南臨安府石屏州宣慰司土官，現為大明總兵官的龍名揚。其后吳三桂、李國翰又調集梅勒章京葛朝忠、白含真、佟師圣、夔州總兵盧光祖、左路總兵陳德、永寧總兵柏永馥等往攻重慶，初五日占領合州，分水陸二路進逼重慶。
重慶明軍守將盧名臣因兵力單薄，無法抵御來勢洶洶的數路清軍，遂于十四日放棄重慶。四月下旬，吳三桂派遣另一支由甲喇章京楊正泰、郭云龍、右路總兵南一魁、敘州總兵馬化豹帶領的清軍進攻敘州，明守將王復臣、白文選自知不敵，主動撤退到永寧。至此。清軍除了原先控制的保寧地區外，相繼奪得成都、重慶、敘州、馬湖、邛州、雅州、嘉定、眉州等府縣，大半個四川盡入清軍之手。以致清廷以為全蜀漸次底定，應當講求善后經營天府之地。以四川之物力支撐其后對滇黔的攻勢。
正在湖南戰場于清軍對峙的孫可望得知四川不穩，清軍已占領大半個四川后，惟恐清軍在四川站穩腳根后南犯貴州，遂派撫南王劉文秀統領援兵四五萬人分三路入川，由建昌、敘永、彭水展開全面反攻。八月初九日，明軍攻克敘府，據守該城的清兵全軍覆沒,總兵南一魁不知下落，總兵馬化豹只身逃回。甲喇、牛錄死難者數十余人。與此同時，孫可望麾下大將白文選也從永寧率部反攻重慶。
吳三桂、李國翰見明軍勢大，于八月十九日在夾江縣同四川巡撫李國英緊急會商，決定全師北撤以保萬全。駐守重慶的清軍將領梅勒章京葛朝忠、佟師圣、白含真、鑲紅旗章京尹得才、總兵柏永馥、陳德、盧光祖于八月二十四日接到吳三桂的撤退命令，二十五日渡江北還。同一天，明軍收復重慶，隨即派兵尾追清軍，在距離重慶一百二十里的停溪將清軍包圍，用火器四面圍攻。二十八日，清軍大敗。梅勒章京白含真被活捉，永寧總兵柏永馥帶著殘兵敗卒逃到保寧時，部下兵支離削弱。只收攏殘兵百余人。
九月，吳三桂也率部退至綿州，接著又退到廣元。如此一來，清朝在四川的臨時省會保寧只有巡按御史郝浴和總兵嚴自明部下一百多名士卒。吳三桂、李國翰在兵敗如山倒的形勢下，已有放棄四川退入陜西漢中的打算。
巡撫郝浴卻以“不死于賊，必死于法”勸說吳三桂、李國翰不可棄守保寧，四川巡撫李國英也拉住吳三桂，苦苦相勸：“王乃客兵，可以還漢；巡撫乃守土之臣。當與保寧共存亡。王自回漢，巡撫當星夜回保料理守具。”說完便辭別吳三桂及李國翰。帶領手下的幾百營兵拔營回保寧。
李國翰見狀，猶豫之后對吳三桂道：“我等統領大兵恢川不得。若棄了保寧，丟了巡撫，我朝法度王所素知，復將何辭以對朝廷耶？”
吳三桂聞聽后醒悟，飛使追回李國英，問他道：“我欲去守保寧，巡撫可有糧么？”
李國英道：“保寧糧雖無多，尚夠兵馬五個月支用。”
見保寧有糧可支撐，加上害怕失地保寧丟了巡撫的后果，吳三桂乃率部與李國韓一同回到保寧。
劉文秀在攻克敘州，追敗清重慶守敵之后，一路上所向無敵，導致生了驕敵之心，其部進抵保寧城郊后，在沒有充分把握的情況下，劉文秀決定強行全面攻城。吳三桂等眼看已經沒有退路，惟有困獸猶斗、背城一戰才可絕處逢生。
十月初八日明軍主力齊集保寧城北，劉文秀登上東北山頭指揮攻城。吳三桂通過偵察得知攻城明軍中張先璧部戰斗力最弱，決定集中兵力先打張軍。李國英為迷惑明軍，命部下綠營兵改打八旗正兵旗。
十月十一日黎明，劉文秀指揮大軍攻城，兵馬蔽山而下，炮聲震天，南自江岸，北至沙溝子，橫列十五里，前列戰象，次用火炮、鳥銃、挨牌、扁刀、弓箭、長槍，層疊里許，蜂擁攻城。
辰時，吳三桂率部開門出城，直攻張先璧軍。張部抵敵不住，紛紛逃竄，敗兵把王復臣等部的軍隊沖得亂成一團。清軍趁勢鼓勇奮擊，明軍陣勢已亂，立腳不住，這天中午即已全面崩潰。撤退時由于浮橋被砍斷，致使大批將士無法過江，被清軍追殺或落水而死。明滅虜將軍王復臣、總兵姚之貞、張先軫、王繼業、楊春普等先后被清軍擒殺，損失士卒大半、戰象三只、馬騾二千三百余匹，劉文秀的撫南王金印也被清軍繳獲。
吳三桂于險勝之余，曾對左右嘆息道：“生平未嘗見如此勁敵，特欠一著耳。”
劉文秀率領殘兵敗卒返回貴州，孫可望深為不滿，下令解除他的兵權，發回昆明閑住；張先璧則被亂棍打死。
保安戰役期間。因為雙方誰也吃不下誰，明清雙方在湖南戰場上長期處于相持局面，在這段時間內。孫可望率部牢牢扼守著辰州、沅州、武岡一線，清軍則守著常德、長沙、寶慶地區。順治九年屯齊率領由尼堪帶往湖南的滿州八旗兵余部回京休整。此舉讓剛剛到任的五省經略洪承疇叫苦不已，憂心忡忡地向清廷連上數份奏報，要求清廷給他增兵，否則湖廣局面不得改觀。
洪承疇叫苦自有原因，順治用他是為了執行當年多爾袞定下的“以漢制漢”之策，以避免滿州八旗在南方戰場損失過重，因此洪承疇一到武昌，順治便急令在湖南的滿州八旗兵由屯齊率領全部撤回北京。湖廣戰事完全由漢軍旗和綠營負責。然而，洪承疇指定調集到湖南的兵馬只有一萬多人，加上原駐湖廣、廣西、四川的綠營兵也絕對難以同孫可望、李定國等指揮的南明軍隊相匹敵，實際可戰兵員只不到兩萬。依為主心骨的滿州兵一撤，漢軍和綠營更是惶恐，面對當面的孫可望指揮的數萬南明軍隊皆生懼意，不敢輕易生釁，若非孫可望此時也無力再在湖南發動攻勢，湖南很可能因為屯齊部滿州兵的撤離而盡落明軍之手。
洪承疇知道僅僅憑借自己麾下的兵力要對付孫可望直接指揮的湘西、貴州明軍和夔東十三家軍隊不僅不能克敵致勝，連守住湖北彝陵、荊州。湖南常德、長沙、寶慶一線都毫無把握。至于他經略范圍內的廣西大部分地區仍為南明大將李定國所控制，就更是力不從心。
再者湖南久經戰亂之后，地方殘破。所謂大敵在前，小寇在野。滿兵絡繹，加送迎之煩。而招徠一二難民亦復鼠竄。百姓不來，有司欲去。洪承疇駐節的長沙城更是滿城極目蕭條，寶慶城內城外無民無房，并蔬菜買賣俱無。
面對這樣一個爛攤子，洪承疇一面竭蹶從事，努力組織綠營等漢兵固守地方，一面請求朝廷另遣滿軍助戰。督促清廷命靖南王耿繼茂迅速移鎮廣西梧州，實際意圖是把攻取廣西、牽制李定國部明軍的責任推給廣東的兩位漢人藩王。
清廷收到洪承疇的奏疏以后。沒有下旨讓靖南王耿繼茂移鎮廣西，但也知道單靠洪承疇節制的漢族兵馬難以同明軍一競高低。于是順治十年十二月，順治任命固山額真陳泰為寧南靖寇大將軍同固山額真藍拜、濟席哈等帶領滿洲八旗兵前往湖北、湖南鎮守。陳泰被任命為寧南靖寇大將軍后卻沒有統兵南下，而是等到屯齊部返回北京后才南下，時間一下就過去一年多。
順治十二年四月，陳泰派出的先遣八旗兵固山額真濟席哈和藍拜的軍隊才進入湖南，他本人帶領的軍隊行至湖北監利縣境因江水泛濫，河堤沖決，無法前進，直到病死軍中也未能到達湖南。
固山額真濟席哈和藍拜統領的八旗兵到達湖南后，孫可望自知斬將搴旗非己所長，決定重新起用因保寧戰役被削去兵權的撫南王劉文秀。可是，劉文秀自從保寧戰敗被剝奪兵權后日趨消極，他廢居昆明時甚至想進山學道。孫可望幾次召他至湖南都不至，最后在孫可望的堅持下劉文秀才出任“大招討”一職，永歷九年（偽順治十二年）春，劉文秀才率領大將盧名臣、馮雙禮等部馬、步兵丁六萬、象四十余只，踏上了東攻湖廣的征途。四月，劉文秀部集結于湖南辰州，計劃先攻占常德，切斷洞庭湖西面湖北、湖南的通道，然后收復長沙、衡陽、岳州，得手后再北攻武昌。
按照劉文秀的部署，明軍進攻常德采取水陸并進的方針。劉文秀派盧名臣率領一支軍隊乘船由沅江前進，自己率軍由陸路進發。明軍出發之時正值漲水季節，盧名臣部乘坐一百多艘船只順江而下，四月十七日即攻克桃源縣，活捉清朝知縣李瑢。可是，劉文秀親自帶領的主力卻因為連日下雨，溪水猛漲，道路泥濘，行進非常困難，馬步兵滯留數十日，根本無法同盧名臣所統水路軍隊配合作戰。
洪承疇和陳泰得到劉文秀大軍入湘的消息后，迅速作出對策，除了從衡州等地抽調軍隊回守省會長沙外，五月初十日，調遣荊州滿洲八旗兵趕赴常德，加強防御力量。五月二十三日夜，盧名臣部進至常德城下，遭到優勢清軍伏擊，由于得不到陸路明軍的支援，激戰到次日，盧名臣中箭落水殉國，水路明軍幾乎全軍覆沒。
戰后，清軍加強了面對辰州的防務，劉文秀水、陸兩路夾攻的計劃宣告失敗，盧名臣的陣亡又嚴重影響了軍心士氣，劉文秀只得放棄攻取常德的計劃，帶領軍隊退回貴州。孫可望對劉文秀的舉措深表不滿，又一次解除他的兵權，讓他返回云南昆明閑住。
孫可望任命劉文秀為大招討，本意是讓他在永歷八年率軍由湘出長江，同張名振等會師奪取江南。當時屯齊部清軍北撤，陳泰部清軍尚未南下，正是一舉擊破清經略洪承疇拼湊的漢軍、進取江南的大好時機。可由于孫可望的圖謀篡位，欲圖取明自代，一向反對此舉的劉文秀不愿按孫可望的策略行事，以免孫可望借此成功篡位，結果他的按兵不動導致孫可望意圖和張名振東、西會師江南的計劃全盤擱淺。
常德之役后，劉文秀無功而返，陳泰也隨之病死，雖常德之役明軍戰敗，但清軍也沒有取得任何南明地盤，基本上仍是在湖南西部同孫可望部明軍對峙。
對峙數月后，清軍派往明軍控制區的探子卻傳來驚天消息——孫可望和李定國內訌，李定國已率部沖破孫可望設在廣西田州的防線直奔貴州而去，此舉明顯是沖永歷而去！(
