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根據周士相和宋襄公事先商定并集合現有武器裝備，太平軍自即日起整編為步軍左營、步軍右營，親兵營、炮營、輜重六營，另編水營一部、騎營一部，同時成立軍帥府并增設預備兵營。↖，
步軍左、右營由原陷陣營、雄威營、震虜三營合并而成，不足兵員由近衛、虎捷抽調。
整編后的步軍左、右營各3000人，其中步軍左營武器標配為刀1000把、矛2000桿，弓160張、弩30具，另有鐵甲150具，棉甲1200幅、盾900面。
步軍右營為半火器兵，武器標配為銃1200桿、刀500把、矛1200桿，斧120把，另鐵甲60具、棉甲600幅、盾300面。
親兵營由原近衛營改編，全營兵力1000人，武器標配為刀200把、矛800桿；
炮營全營兵力1000人，設有大小銅炮116門，銃炮130桿、虎尊小炮40門，另有炮車150輛、雙輪推車100輛，拉炮用駑馬、驢、騾合計400頭。
輜重營由近衛、虎捷二營剩余兵力并抽調原后營保安團丁組成，兵員配制為1500人，武器以刀、矛為主。太平軍原先擁有可拉車的牲畜除調撥炮營外全部集中于輜重營，供運輸使用。
水營以新招香山漁民及原降兵中的潮州兵組成，暫定800人，因水營為新組建，故還沒有戰船配署。
為解決水營有名無實的尷尬，周士相讓廖瑞祥盡量從漁民手中收購漁船，將其改建為可在內河駛行的小型戰船，供水營先行訓練起來。另外還要重金聘期工匠到香山為水營打造能在珠江、譚江上面航行的戰船，最好還能在海上航行。
這個要求顯然有些不切實際，公庫的資金也不足以承擔打造水師的要求。因此周士相便只能耐下性子緩步發展。抱著試一試的心態，他派人到新會向陳奇策購船，還讓人到沿海地區要漁民帶話給洋上海盜，若他們愿歸順太平軍，周士相將予以重用。
騎營由邵成國的騎兵隊擴充，因戰馬、騎手不足，短期內無法進行大規模擴充，故暫定兵員300人，實際有戰馬52匹，駑馬80匹。
整編后。太平軍建制兵員10600人。
步軍左、右兩營營兵力配制為10人一伍，50人一隊，300人一衛，600人一旅，全營為一師（營）。
一伍設伍長一名，小旗銜、副伍長一名，軍士銜；一隊設隊長一名，總旗銜、副隊長兩名，小旗銜；一衛設衛長一名。百戶銜、副衛長兩名，試百戶銜；一旅設旅長一名，千戶銜、副旅長兩名，總旗銜；一師設師長（營官）一名。衛指揮使銜、副師長兩名，指揮同知銜。
同時于各隊設安軍小使一名，小旗銜；各衛設安軍中使一名，總旗銜；各旅設安軍大使一名。百戶銜；各師設安軍使一名，千戶銜。
親兵營和輜重營、炮營參照步軍左、右營定制編員，水營和騎營因規模不及以上諸營。暫以一旅定制，對外則稱全營。
各營營官人選分別為：
步軍左營營官葛義，副營官姜樊、宋二牛；
步軍右營營官鐵毅，副營官鄭鐵柱、王有喜；
親兵營營官邵九公，副營官管三水、朱慶來；
炮營營官齊豪，副營官牛根生、江四海；
輜重營營官趙四海，副營官陸武、崔豹；
水營營官唐正兵，副營官鄭慶、錢來；
騎營營官邵成國，副營官王化、鮑德。
以上諸營成立后，各營即挑選所屬士兵入營整訓，剩余人員則編入預備兵營，同時各鄉保安隊戰時也歸預備兵營提調，用以補充作為野戰軍種的其它各營。自成軍之日起，有來投太平軍的也全部集中到預備兵營進行訓練，訓練合格后方可獲得補充至野戰軍的資格。
預備兵營營官暫以受傷的蔣和擔任，待其傷愈后再行擇將。預備兵營主官職銜等同戰兵各營，以下則各降一等。
同時成立太平軍軍帥府，各營歸軍帥府直接指揮，軍帥自然由周士相擔任，副軍帥則由向來穩重的秦智生擔任。
宋襄公則擔任軍帥府總幕僚一職，負責軍帥府日常運作，公文軍令軍紀制定、糧草物資分發等，同時協調地方事務，戰時與預備兵營營官一同補充兵員至前線。
各營駐地也要進行變動，原先駐各鄉太平軍太過分散，不利力量集中，也不利應付突發戰事需要。故重新整編后，步軍左營進駐增城一線的銀瓶嘴山，步軍右營和炮營則全部進駐良字都。親兵營和騎營駐香山縣城，輜重營駐龍眼都，水營駐永樂鄉。以上諸營為野戰軍種，不事生產，而預備兵營則在訓練同時要進行生產，故又名生產建設兵團，駐地為前山寨。
新的軍制和官制都是周士相結合衛所軍制和后世軍制自創的新軍制，當中肯定有不合理之處，但時間不等人，周士相也只能先如此安排了。不過為了滿足部下們升官發財的愿望，周士相在太平軍內部實行自己那一套軍制，對外則是按普通明軍建制進行封官。
秦智生和蔣和被授予副將銜，葛義、邵九公、趙四海、齊豪，鐵毅被授予參將銜，其他副營官、旅長等都被授予游擊、都司、守備等官職，一時間，太平軍之內大人稱呼不絕于耳，當然，這些大人們全是記名的，還沒有永歷朝廷正式授予的官憑和官印。
為了解決這個問題，周士相頭一次以記名潮州總兵的身份向昆明的永歷朝廷發去奏章，奏章是宋襄公一個字一個字寫下來的，字里行間反復推敲又推敲，做到沒什么犯諱這才送到新會，請陳奇策派人送到雷州的總督衙門，再由兩廣總督連城壁代為上呈朝廷。
奏章中，周士相向永歷帝表明了自己身為明臣，堅決抗清的忠心態度。并詳細記錄了太平軍自羅定立營后的大小戰事，及為朝廷奪取新會、香山的經過。周士相請求朝廷能給予自己合適的身份，畢竟他麾下已有上萬人馬，單一記名總兵的身份無法讓地方士紳信服，也無法讓自己的部下安心，所以為了廣東抗清的大局，也為了安定人心，天子最好能給自己一個實授的總兵封號，并且給予自己的部下實授官缺。
這份奏章是擺明了跟永歷朝廷要官的，這不是一個臣子應有的態度。宋襄公勸周士相不要這樣寫，只說說功勞就行，永歷朝廷里那幫大臣們不是傻子，會知道接下來怎么辦。
可周士相偏不同意，非要這么寫，他的理由是太平軍是自己一手拉起來的，新會也是自己奪下守住再交給陳奇策的，更別說自己還重創了清軍，如今太平軍在香山。朝廷一文銅板也沒撥過，一粒糧食也沒給過，他周士相卻偏偏替朝廷收復了香山，牽制了廣東清軍。并且正在部署收復廣州。收復廣州肯定是虛張聲勢，夸大其詞，不過周士相愛怎么寫就怎么寫，永歷帝總不會因為他虛張聲勢就抹殺他的功勞吧。也不能不給他回應吧！
周士相并非是真的要官，只是不想讓部下們失望而矣。他任命得再好聽，也都是些記名。而能去掉這個“記名”的只有永歷朝廷，否則除了他扯旗自己干就一點辦法也沒有。畢竟有正統的大明皇帝給自己授官，一眾土匪、貧民、降兵出身的太平軍官們會覺得身價倍增，這個官也是有名有實，能光耀祖上門楣的。最重要的是有了永歷朝廷正式的任命，這些人對于永歷政權才能有最切實的認知，對于南明的忠誠才會慢慢建立。
周士相不會昏了頭學孫可望，所以他要宋襄公寫了這封要官的奏章，至于永歷帝怎么想就是他的事了。雷州的連城壁又是如何看待他這份奏章，周士相也不在乎，甚至這份奏章是不是能送到昆明他也不在乎。他實際就是表明一個態度，而這個態度本質上是讓連城壁瞧的——你到底給不給我實授？
新的編制和各將主官任命后，太平軍上下就迅速忙碌起來，連帶著各鄉公所也跟著忙，畢竟軍隊移防的事情要牽涉到他們。所有人都在忙，周士相也沒閑著，他要挑選自己的親兵。
親兵營的營官是邵九公，但親兵營同樣也是歸軍帥府直接指揮的力量，所以周士相決定自己挑兵，他讓宋襄公把風放了出去，結果回去的各營主官很快就將手下的精壯新兵送到了仁厚坊，足有2000多人。
最終周士相從這2000多人中選了600人出來，這樣加上原先近衛營的400人，正好湊齊1000人。那600個新兵聽說自己被抽中調入總兵大人的親兵營后，興奮的不得了。
什么是親兵營，那不就是總兵大人的家丁嘛！想到以后能享受將領親信家丁的待遇，這六百人想想也高興。另外一千多人雖然沒有被選中但也沒有失望，因為成為總兵親兵家丁固然是好，但喪命的風險也大，打起仗來這些人可是要沖在前頭的。
經個大半個月的重組，新建的太平軍諸營方才稍稍定當下來，軍帥府制定的新訓練大綱也派發了下去，各項規章制度也在不斷的出臺。隨著一道道軍令發出，太平軍也越來越像個軍隊的樣子。
宋襄公跟廖瑞祥要了10多個秀才進入軍帥府，以協助他這總幕僚處理公務。因為軍中大半將領都不怎么識字，請示周士相后，軍帥府行文各營的安軍使，讓他們在本職安軍工作之余，也要擔任主將的參謀一職。這個參謀不是幫助參謀軍情，而是幫著看公文寫公文。
廖瑞祥的衙門差事干得不錯，花了近兩個月時間，他在香山境內共設置了12處驛站，并全部交接給太平軍。驛站對于軍情和公文傳遞有著十分重要的作用，因此周士相又讓宋襄公將這些驛站管起來，將其中幾處位于交通要道的驛站升級為兵站，負責補給物資、接收傷病員、招待過往軍隊等。兵站由軍帥府直接從公庫撥銀，免得廖瑞祥老來訴苦說縣衙沒錢，周士相對他盤剝太狠。
剛進入三月，張安傳來重要情報，由滿州正藍旗固山額真噶來道噶統率的南下八旗兵已經到達廣州。
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