凌海將軍陳奇策的身后之事辦得極其哀榮，因老將軍身前并無多少家財，所以周士相拿出3000兩銀子交與陳奇策長子陳士邦，以用于喪事。與此同時，老將軍的遺奏快馬送往欽州，由欽州的總督衙門遞呈昆明，想必朝廷收到老將軍遺奏后會有相應蔭賞下來。
喪事結束后，按老將軍生前心愿，其部水師正式改編為太平軍的水師。周士相命吳遠出任水師統制官，實授總兵銜；參將周勝及鄭成魁出任水師副統制官，皆授副將銜。老將軍的幕僚胡德玉出任肇慶知府，老將軍長子陳士邦則出任新會知縣，其余子弟周士相也都做了妥善安排，務求不讓老將軍部下有任何不滿。
因老將軍事先安排，加上主要將領都愿意依靠越來越強大的太平軍，故而肇慶及新會水師的接收整編進行得很是順利。經清點統計，凌海將軍所部共有可用于海戰的福船78艘，斗艦、海鶻、走舸等船68艘，此外四百料戰座船、四百料巡座船35艘、哨船、沙船等內河船只78艘，另尚有數十艘在建。水師官兵7850人，總兵以下將校52員。
老將軍的部下中，參將周勝和鄭成魁在老將軍尚在之時就曾進言接受太平軍改編。前者和清軍有滅門之仇，平生所愿便是殺進北京城滅他愛新覺羅全家，因此早想加入屢勝清軍的太平軍；后者則是在和周士相的合作中親眼目睹了太平軍是如何摧枯拉朽一步步壯大，又是如何全殲濟度大軍，故而亦有投靠之心。
從前太平軍沒有崛起時，周勝和鄭成魁跟著老將軍在沿海抗清，雖然水師規模大，戰斗力也強，也屢屢重創清軍水師，可卻因無陸戰之力而無法在陸地立足，只能被清軍趕到海外孤島苦苦堅持。沒有一塊穩定的地盤，水師便沒有固定糧餉來源，朝廷又早就不管他們這些水師，廣東的總督衙門也開不出錢糧來，這便讓廣東各部水師難以維持。
在上下川島時，凌海將軍部下水師將士因為無糧，甚至將戰船改作漁船出海打魚為生。那些時日，水師上下對于前途都是絕望，直到老將軍毅然決然帶領他們前往新會。自那以后，水師發生了天翻地覆的變化，先是得了新會城立足，后又是取了肇慶。水師的戰船越來越多，士卒也是越來越多，地盤也是越來越大，士兵們再也不會因為沒有吃的而將戰船開出去打魚。
這一切，都是怎么得來的，水師上下無不清楚，所以對于強大的太平軍，他們打心眼里親近且愿意加入的，畢竟這年頭，只有加入強大的一方才能吃飽肚子，活下去。將領們或許還有其他心思，封功蔭子，名揚千古什么，士兵們卻是單純，吃飽肚子再報仇，誰能帶著他們報仇，他們就替誰賣命。
新會之戰時，吳遠是記名總兵，占領肇慶后，老將軍為他請功，朝廷來了旨意，實授吳遠為廣東水師總兵官，隸凌海將軍屬。
吳遠沒有勸過老將軍加入太平軍，但也不反對此事，他是老將軍當年收養的孤兒，跟著老將軍二十多年，很大程度上將自己看作了老將軍的私兵私將。若是老將軍生前沒有作安排，吳遠或許也會考慮自立門戶，畢竟接受別人指揮和自己獨領一軍，還是有著本質的不同的。
寧為雞頭不為鳳尾，太平軍沒有水師，今后很長時間也將繼續依靠他，且自己又是朝廷實授的廣東水師總兵官，所以從前老將軍能從太平軍得到的好處，今后他吳遠一樣也能得到，甚至得到的更多 。可現在老將軍已經作了安排，吳遠便息了那份自立門戶的心思，他也知道，若自己一心孤行，恐怕下面的人也不會答應，至少周勝和鄭成魁說不定就會帶著船直接跑周士相那里去。于其自家內訌分家，倒不如大家一塊跟著周士相干，這樣水師也能保持團結，將來周士相真要虧待他們，大伙也能擰著一條繩跟他干。
胡德玉從前是臺山知縣，清軍入廣東后便投奔老將軍，一直做著幕僚事。他是有氣節的，要不然也不會風餐露宿的跟著水師天天在海上吃苦。他也沒有權利之心，要有，當年只怕早早降了清，十多年下來，在清廷那邊怎么也能做到知府，混得好的話，說不得也能撈個巡撫做做，何必跟著快要完蛋的朱明等死呢。
胡德玉忠心大明，也一心為老將軍謀劃，所以當初老將軍決定來解新會之圍時，他也勸過，后來也為繳獲的戰利品和糧食等事和周士相的手下爭過，所為卻不是飽他胡德玉的私囊，而是為了老將軍及其麾下的數千水師官兵。
老將軍的死讓胡德玉很難過，但他知道眼下最要緊的是什么，老將軍臨死前都在想著勤王救天子，身為他的幕僚，又是大明的臣子，胡德玉便放下心中哀傷，竭力配合周士相整合水師，也欣然接受周士相所委的肇慶知府一職。哪怕他知道周士相并沒有委任知府的權限，也依舊坦然受之，所慮不過是想盡早安定肇慶局面，籌備西征勤王事。
水師整合完畢后，周士相又撥銀8萬兩擴大肇慶造船廠的規模，命船廠在八月前盡量多打造沙船出來，又命鄭成魁帶一支船隊先行沿柳江上溯至廣西境內探尋水道，偵測水文，為太平軍大舉西進做好準備。
肇慶除了老將軍這一支力量外，還有一支力量，卻是鎮國將軍朱統。鎮國將軍為武官正一品，郡王長子稱王長子，次子以下則皆為鎮國將軍，再有子弟則為輔國將軍。
朱統是寧獻王九世孫，清軍入關以后，大多數宗室選擇向清軍投降，如當年在杭州投降的潞王朱常淓等人。朱統卻堅決不向清軍投降，自散家財募義勇抵抗清軍，和在臺山堅持抗清的唐王朱韋鍔一樣，都是至死不降的宗室典范。
朱統自散家財堅持抗清的事跡讓周士相很欽佩，可真正和這位鎮國將軍打交道，周士相卻總覺得自己很吃虧。因為這位宗室實在是個異數，不論做什么事，他都不肯吃虧，精于計較好像個商人般。在和他商談其部整編時，朱統表現出來可不是精明，而是近乎貪婪，或者說獅子大開口了。
陳奇策的水師被周士相收納后，朱統就知道太平軍接管肇慶再所難免，他無法拒絕太平軍對肇慶的接管，所以他精明的選擇配合。左右他麾下不過三四千兵，能打的戰兵實則只幾百人，真要不配合，不用周士相動手，陳奇策的那些部下也能吃了他。
實力弱小不代表朱統就甘心任由周士相擺布了，他擺出宗室的架子，開口就跟周士相要兩鎮兵建制。這兩鎮兵不但要周士相給人給錢給糧，還要給軍械。
周士相覺得朱統真是有些無恥了，可對方擺出一幅忠心為國的樣子出來，且大擺宗室架子，他這興平伯還真不好得罪于他，更不好用武力逼他就范，只能拿出耐心與對方好生商量。最終一番討價還價下來，朱統滿意的為自己爭取了原本他就想好的條件——一個鎮的建制。
周士相給了朱統所部一鎮建制，定編為太平軍第八鎮，除其所部四千兵外，又從水師擅陸戰的兵座抽調了千余人，再加上郭之奇曾經在沿海招募的那兩千義勇，總算是湊齊三個旅。又從第三鎮和兵備講習所抽了100個低級軍官配到這個鎮，命其駐防肇慶。
肇慶的事情大致用了半個多月時間方理清，在這段時間，周士相相繼給駐各地的明軍將領發去請貼，請他們來肇慶協商勤王事。貼子一共發出20多份，回貼表示愿意來的卻只7個人，其余不是說要等總督衙門命令，便是找借口推說不肯前來。而欽州的總督衙門和高州的四府巡撫那邊卻是連個回貼都沒有。
周士相很生氣，他決定武力解決。(
