漆黑的無光的世界，如同戈壁荒漠般的破敗城市，還有那廣闊的麥田向觀眾展示，人類未來是如何被機器種出來，然后充當電子世界的能源的！
這是一幅末日景象，未來的人類凄慘無比，像種莊稼一樣種出來，即便是讀過了小說的許多觀眾都被眼前的這一幕震驚了！
接下來，尼奧跟隨著墨菲斯開始進行一系列的模擬訓練，讓人明白了之前的崔妮蒂是如何做出來那許多匪夷所思的動作的，而且其中還帶著虛擬空間的虛幻感。
影片發展到這里，對開頭的另一個懸念做出了解答，墨菲斯的團隊中有叛徒，還有另外一點，尼奧到底是不是救世主，這個問題則需要先知來回答。
而先知回答的結果卻有一些出人預料，他的意思非常明確——尼奧不是！
影片繼續，特工史密斯帶來大量的警察包圍了尼奧和墨菲斯等人所在的大樓，一場大戰就此爆發。
墨菲斯為了救尼奧，被迫直面史密斯，卻根本不是對手，不過在他的掩護下，其余人陸續沖出重圍，中途溜掉的賽弗作為叛徒，早早地就回到了現實世界，崔妮蒂和尼奧等人被困在一座廢棄酒店的房間里。
賽弗上演了經典的場景，那就是反派的話嘮，而后果非常的嚴重，原本以為被干掉的坦克重新站起來干掉了賽弗，尼奧和崔妮蒂逃了回來，但墨菲斯卻被特工抓走了。
墨菲斯掌握著人類最后的據點錫安主機的登陸密碼，如果密碼泄露，母體可能對錫安造成致命的威脅，因此坦克主張拔掉墨菲斯鏈接矩陣世界的插頭，以他的死來保證錫安的安全。
而尼奧卻執意要去救回墨菲斯，崔妮蒂則跟他同行，這個時候觀眾們都知道最后的大戰要開始了。
曾經的影片夠炫夠酷夠拽，并且以此大受觀眾歡迎，而這一世，保羅在這部影片上的投資多了近一半，因此場面也更加的火爆。
尼奧和崔妮蒂殺入大樓與上百名警衛激烈交火，子彈仿佛空氣一般密集，彈殼如同雨點一般落下，大樓的廊柱被子彈打成蜂窩，又變成碎塊，大理石和混凝土碎塊四散飛濺，好像從所有觀眾的眼前飛過。
看到了如此酷炫的場面，觀眾們都不由得感覺到興奮，而這不過是一個開場戲，找到了一個機會，尼奧和崔妮蒂已經向著警衛們沖去，閃電一般殺入到了警衛群中。
尼奧穿著黑色風衣，帶著黑色墨鏡，動作迅猛卻又讓人眼花繚亂，和同樣穿著黑色緊身皮衣，帶著黑墨鏡的崔妮蒂，兩個人全力施展槍斗術，將瀟灑、酷帥和漂亮性感的一面發揮到了極致。
在這一系列的場面之中，杜奇·查理曼使用了高速慢鏡加鏡頭快閃等多種手法，交錯亮槍、倒懸十字、連環飛踢……男女主角的炫技仿佛停不下來！
尼奧和崔妮蒂殺入了大廳，乘坐電梯向著頂樓進發，同時安放了炸彈，驚天動地的爆炸幾乎完全的摧毀了大廈下層，而兩個人到達了頂樓，不可避免的遇到了特工的阻攔。
所有人都知道，在矩陣世界里，尼奧不是特工的對手，而特工的槍已經瞄準了他！
子彈從槍口中射出，尼奧后仰躲避，鏡頭瞬間放慢，卻偏偏又感覺很快，子彈的飛行軌跡清晰可見，鏡頭圍繞尼奧三百六十度旋轉，將每一個細節都展現了出來。
雖然這不是子彈時間第一次出現在大銀幕上，但之前從來沒有哪一部影片能做得如此出色！
而這還不是最火爆的，接下來崔妮蒂駕駛直升飛機，尼奧用六管火神炮對準特工猛烈開火，槍口仿佛能夠噴出火焰，彈殼如同暴雨般下落，這些都在不斷地的刺激著觀眾的情緒。
墨菲斯掙脫束縛，向著直升飛機沖去，卻被史密斯特工射中腿部。尼奧關鍵時刻騰空而起救下墨菲斯，直升飛機又成了史密斯特工槍下的犧牲品……
尼奧在千鈞一發的時刻又救下了崔妮蒂，而直升飛機則直接撞上了大樓，伴隨著撞擊和爆炸，三個人驚險的逃生，向著坦克指示的地鐵站電話亭跑去。
但剛剛沖到一個路口，就有警車趕到，警察們剛剛掏出槍，尼奧直接脫掉掛滿了手雷的黑風衣，拉開保險，扔向了聚在一起的警車。
就在所有警察的注視中，風衣飛到了幾輛警車前，還沒有完全落下就轟然炸響，火焰和氣浪將警車掀翻，這些警察也都騰空飛起，隨著鏡頭的轉動，觀眾能清晰的看到爆炸帶動的碎玻璃和金屬屑的飛行軌跡，目睹它們夾雜在火焰和氣浪中擊中周圍的建筑，擊碎路邊的玻璃櫥窗，擊穿警察的身體。
別說這些普通的觀眾，此時就連喬治·盧卡斯都感覺有些目眩神迷，影片在視覺上帶給人的沖擊太強烈了，槍斗術、子彈時間還有剛剛的爆炸，都是一種視覺上的至高享受。
“杜奇·查理曼對于這些火爆場面的把控更加精湛了！”喬治·盧卡斯忍不住心中感嘆。
而此刻在電影中，三人暫時擺脫了特工和警察的追擊，電話鈴聲響起，墨菲斯率先離開矩陣，這個時候崔妮蒂想要對尼奧表白，卻被經過的地鐵打斷，在她傳離回到現實后，史密斯追了過來，開槍打爛了尼奧的電話，正反兩派的大戰終于到來了。
尼奧和史密斯各自向著對方沖去，雙方都用上了槍斗術，但這與之前的槍斗術不同，兩人的動作幾乎都是面對面攻擊，以差到毫厘的方式躲開對方射來的子彈，大量高速慢鏡的使用，再次清晰的展示出了子彈的運動軌跡，充分讓觀眾體會到其中的驚險刺激。
不過尼奧仍然是處于劣勢，最后他利用沖來的地鐵，險之又險的把史密斯送進了地鐵的車輪下。
可就在尼奧想要離開地鐵站的時候，地鐵剎車，史密斯從車廂內走了出來，他所代表的特殊程序似乎永遠都殺不死。
接下來就是一番驚險的追逃大戰，尼奧面臨著史密斯和另外兩個特工的追擊，驚險的搶到手機聯系上氣墊船，終于拿到了離開矩陣的電話地址。
但當他擺脫兩名特工的追擊，沖到酒店的房間前，救命的電話鈴聲剛剛響起，尼奧推開房間，迎來的卻是史密斯特工的槍口。
槍聲接連響起，史密斯幾乎把尼奧射成了馬蜂窩，仿佛這就是結尾，可電影中的主角總是擁有著光環的，所以崔妮蒂在“我愛你”的告白之后，在同樣遭受危機的氣墊船中，吻了現實世界中的尼奧。
尼奧緊接著復活，開啟了救世主模式，史密斯三名特工射向他的子彈，被他輕易定格在了身前，緊跟著沖上來的史密斯根本不堪一擊。
最終尼奧將代表史密斯的這段代碼撕成了碎片，另外兩名特工落荒而逃，尼奧也在千鈞一發之刻，返回了現實世界。
“我知道你們在哪里，我能感受到你們，你們害怕了，你們怕我，你們怕改變……我要讓所有人見證真實的世界！”
在影片的結尾，尼奧與母體進行了直接對話，然后一飛沖天！
字幕落下，掌聲響起，伴隨著觀眾們激動地叫喊，保羅和杜奇·查理曼對視一眼，兩個人都知道這部影片成功了。
